Il commande, à titre temporaire, le département du trans-Allegheny du au [2].
Il est connu pour avoir dirigé, en 1863, une incursion dans les États nordistes de l'Indiana et de l'Ohio, connue sous le nom de «raid de Morgan».
Empêché à plusieurs reprises de revenir sur ses pas par les forces fédérales mobilisées à la hâte et par les milices des États concernés, Morgan se rendit finalement, avec ce qui restait de ses unités, dans le nord-est de l'Ohio. Emprisonné, il s'échappa avec quelques-uns de ses officiers et regagna le Sud, où il fut tué, un an plus tard, par un cavalier de l'Union lors d'une tentative de fuite.
(en) James A. Ramage, Rebel Raider: the Life of General John Hunt Morgan, Lexington, The University Press of Kentucky, , 336p. (ISBN978-0-8131-0839-1, lire en ligne).
(en) Edison H. Thomas, John Hunt Morgan and His Raiders, Lexington, The University Press of Kentucky, (1reéd. 1975), 126p. (ISBN978-0-8131-1530-6, lire en ligne).