Après ses études secondaires, Malte Larsen travaille dans le secteur de l'agriculture, avant de devenir professeur à la fin des années 1990[1].
Engagé au sein de la Social-démocratie, il est candidat aux élections législatives de dans le Jutland de l'Est mais ne parvient pas à remporter de siège, devenant seulement le premier suppléant social-démocrate dans la circonscription[2]. À ce titre, il siège plusieurs mois pendant la législature comme membre temporaire du Folketing, en remplacement de députés absents[1].
Il est élu député de plein exercice lors des élections législatives de [3]. Après le scrutin, il devient le porte-parole du groupe parlementaire social-démocrate pour les ports[1]. En , il devient également porte-parole social-démocrate pour le commerce[4].
En , il succède à Jesper Petersen comme président de la commission parlementaire sur la fiscalité[6]. Il quitte ce rôle en , quand il succède à Rasmus Horn Langhoff à la présidence de la commission sur l'énergie et le climat[7].
