Il commence sa carrière dans l'administration fédérale en tant que rapporteur à l'état-major du Département fédéral des finances, puis devient collaborateur personnel du conseiller fédéral Kaspar Villiger[3].
Il vit à Spiez, dans le canton de Berne[4]. Il est père de quatre enfants[5].
En 2020, il est critiqué dans le cadre de l'affaire Crypto par la Délégation des Commissions de gestion de l'Assemblée fédérale[4], qui considère qu'il «n’a intentionnellement pas assumé sa responsabilité» lorsque des éléments relatifs à l'ingérence de services secrets étrangers lui sont présentés[7].
Secrétariat général du DFAE
En 2017, il quitte le SRC et devient secrétaire-général du Département fédéral des affaires étrangères[8]. Lors de ce changement, le Temps note que «Malgré sa grande discrétion médiatique, Markus Seiler est connu comme le loup blanc dans le bercail fédéral»[3].
Début 2021, il est critiqué par plusieurs journaux, ensemble avec Ignazio Cassis, dont l'Aargauer Zeitung[9] et Le Temps[10], pour la gestion du personnel diplomatique au sein du DFAE. L'ancien diplomate Georges Martin va jusqu'à décrire Seiler comme le «Raspoutine du DFAE»[10]. Un autre ancien diplomate, François Nordmann, considère que le secrétaire-général soit devenu tout puissant au sein du département, ayant même plus de pouvoirs que la secrétaire d'État (Pascale Baeriswyl puis Livia Leu Agosti)[10].
1 2 3 (de) Lukas Häuptli et Samuel Tanner, «Die Geschichte eines ehrgeizigen Mannes, der seine Rolle im Maschinenraum der Schweizer Politik findet – aber die Kontrolle über seine Rolle verliert», NZZ am Sonntag, (ISSN1660-0851, lire en ligne).
(de) Markus-René Seiler, Kleinststaaten im Europarat: Fallstudien zu Island, Liechtenstein, Luxemburg, Malta und San Marino (thèse de doctorat), Bamberg, Difo-Druck, , 376p. (OCLC756869743).