Musée zoologique de la ville de Strasbourg
musée à Strasbourg, France
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Le Musée zoologique de la ville de Strasbourg présente des collections de zoologie appartenant à la Ville de Strasbourg. Longtemps géré par du personnel universitaire, il fait aujourd'hui partie intégrante du réseau des musées de la Ville de Strasbourg. Il est situé boulevard de la Victoire à proximité du campus historique de l'université de Strasbourg.
de la ville de Strasbourg
| Type |
musée municipal |
|---|---|
| Ouverture |
1804 |
| Dirigeant |
Samuel Cordier |
| Surface |
8 280 m2[1] |
| Visiteurs par an |
40 498 (2016)40 418 (2017)41 949 (2018)[2] |
| Site web |
| Collections |
Histoire naturelle, zoologie |
|---|---|
| Nombre d'objets |
1 200 000 spécimens |
| Label |
| Pays |
France |
|---|---|
| Commune | |
| Adresse | |
| Coordonnées |
Fermé pour travaux depuis , le musée a rouvert ses portes le . Il compte plus de 1,2 million de spécimens dont 1 800 sont présentés au public.
Histoire
À l'origine du musée : Jean Hermann

La curiosité et la détermination du naturaliste Jean Hermann (1738-1800) sont à l'origine de ses premières collections et du futur musée. Après l'obtention de son diplôme de docteur en médecine à l'université de Strasbourg en 1762, il se rend à Paris, visite des établissements scientifiques et des cabinets de curiosité connus. Il fait également quelques acquisitions pour son propre cabinet d'histoire naturelle qu'il vient d'ouvrir dans son appartement sur la place Saint-Thomas, à l'angle de la rue Salzmann[4].

Également professeur, lui-même ne voyage guère, mais entretient des relations épistolaires avec un important réseau de scientifiques, tels que Georges Cuvier, Carl von Linné ou Alexander von Humboldt[5], et fait partie de nombreuses sociétés savantes. Son cabinet compte 900 oiseaux, plus de 200 mammifères, des reptiles, des vers, des poissons, des insectes, des coquillages. Il constitue également un herbier de plus de 17 000 plantes. À sa mort en 1800, on recensera 10 000 échantillons de minéraux rangés dans 150 tiroirs[6]. Il possède en outre une importante bibliothèque d’ouvrages d’histoire naturelle de plus de 12 000 volumes[5].
La notoriété de ses collections attire de nombreux visiteurs, de France et de toute l'Europe : plus de 3 500 personnes y viennent entre 1762 et 1800[4], dont le zoologiste Lacepède, le naturaliste Lamarck, le physicien Volta, le minéralogiste Dolomieu, le prince Ferdinand de Wurtemberg ou l’archevêque primat de Pologne[7].
La période française (1804-1870)
Lorsque Jean Hermann meurt en 1800, le cabinet est d'abord géré par sa famille puis vendu à la Ville de Strasbourg en 1804. Il s'agit d'éviter le démantèlement des collections, à une époque où se développent les premiers musées d'histoire naturelle[8]. Son gendre, Frédéric Louis Hammer (1762-1837), ainsi que son frère, Jean-Frédéric Hermann (1743-1820), futur maire de Strasbourg, contribuent à la sauvegarde du cabinet[7].
En 1818 les collections sont transférées dans les bâtiments de l'actuel Grand Séminaire, derrière la cathédrale. Leur entretien est confié à l'Académie de Strasbourg (université) pour ouvrir un musée d'histoire naturelle[8]. Achats, dons et échanges se multiplient et le manque de place se fait sentir.[9]. De nouveaux locaux sont trouvés à la Krutenau. À son tour le Muséum d'histoire naturelle de Paris cède de nombreux spécimens. Hammer dirige le musée jusqu'en 1826. L'année suivante il est remplacé par le médecin et zoologiste Georges Louis Duvernoy (1777-1855), collaborateur et ami de Georges Cuvier (1769-1832)[10]. Lorsque Duvernoy est nommé au Collège de France en 1837, Dominique Auguste Lereboullet (1804-1865) prend la direction du musée. Il est bientôt secondé par Wilhelm Philipp Schimper (1808-1880), devenu Conservateur en 1839. Ensemble ils créent, en 1851, l'association strasbourgeoise des Amis du musée qui joue un rôle important dans les acquisitions du musée jusqu'en 1870. De 1865 à 1867 l'établissement est dirigé par Émile Baudelot (1834-1875[11]), auquel succède Schimper. Pendant la guerre de 1870, le musée est bombardé, les collections sont déplacées et désorganisées, l'association est dissoute [12]. Refusant un poste au Museum d'Histoire naturelle à Paris, Schimper choisit de rester en Alsace et accepte un poste de professeur à l'université allemande de Strasbourg. Il reste à la tête du Musée jusqu'à sa mort en 1880.
La période allemande (1871-1918)

À l'issue du conflit, l'annexion de l'Alsace-Lorraine entraîne également d'importants bouleversements dans le monde scientifique. Sur le modèle disciplinaire déjà mis en œuvre par Wilhelm von Humboldt à Berlin, la Kaiser-Wilhelms-Universität est structurée en instituts spécialisés, ce qui entraîne la scission des autres collections (botanique, géologie, minéralogie, paléontologie),qui dépendent désormais de l'université. Seules celles de zoologie demeurent la propriété de la ville et rejoignent un nouveau musée construit en 1893. Son conservateur, puis directeur est Ludwig Döderlein (1855-1936), qui imprime bientôt sa marque. Il se charge du déménagement, de la conception scientifique et muséographique, ainsi que de l'agencement intérieur du bâtiment. Quant à la présentation des spécimens, il fait le choix de tout exposer : il n'y a pas de réserves. Son approche universaliste, servie par la politique expansionniste allemande, conduit à un enrichissement considérable des fonds, par des acquisitions, mais aussi grâce aux spécimens rapportés par les scientifiques de leurs explorations autour du monde, notamment sur de nouveaux lieux de collecte (Dar-es-Salam, archipel Bismarck, Tsingtao, Neubritannien, Ponape, Neuguinea, Deutsch-Ostafrika). Lui-même a réuni une importante collection de spécimens d'animaux marins au cours de son séjour au Japon. Contraint au départ en 1919, alors que l'Alsace est redevenue française, il doit aussi intégrer ces pièces aux fonds du musée, même si l'Alsacien Adolf Burr (né en 1889), devenu conservateur-adjoint, l'aide à continuer d'étudier ses collections[13].
- Spécimens collectés par Döderlein au Japon.
Le musée au 20e siècle (1918-2019)
En 1920, le biologiste Émile Topsent (1862-1951) est nommé professeur de zoologie à l'université de Strasbourg. Au musée il se démarque de son prédécesseur : les vitrines sont allégées, des réserves sont créées au troisième étage, une muséographie plus audacieuse est proposée aux visiteurs : il s'agit désormais d'aborder le monde animal par son rapport au monde humain. Après le départ de Topsent en 1927, la muséographie subit peu de transformations pendant la période de l'entre-deux-guerres[13].
La Seconde Guerre mondiale est catastrophique pour le musée. Les Allemands transfèrent les collections de grands mammifères dans l'actuelle manufacture des tabacs, qui est bombardée en 1944. Le musée perd alors la quasi-totalité de ces collections (dont 45 bouquetins, 75 antilopes et gazelles, 35 félidés, des tapirs des Indes et d'Amérique centrale et une collection de zèbres unique au monde[14]).
Lorsque le musée rouvre ses portes le , le nouveau conservateur en est l'entomologiste François Gouin (1911-1998). Il doit faire face aux travaux de remise en état qui durent dix ans et, par ailleurs, il n'est pas possible de reconstituer à l'identique les collections détruites. Cependant, en 1961, la décision d'attribution d'indemnités de guerre au musée permet notamment de lancer un programme d'achat d'animaux naturalisés et d'ouvrir un département d'anatomie des vertébrés, comprenant une section d'ostéologie et d'anatomie comparée[15]. François Gouin reste à ce poste jusqu'à sa retraite en 1976[16].

En 1977 Guy Hildwein lui succède à la tête de l'établissement, secondé par Élisabeth Lang qui prendra le relais de 1988 à 2002. Ils entreprennent la rénovation des présentations du musée. À l'instar d'autres musées français et européens, ils renoncent à présenter systématiquement dans des vitrines les spécimens par familles et optent pour des dioramas, c'est-à-dire des mises en scène évoquant un milieu et les différentes espèces qui y vivent. Au fil des années, les bords du lac Tanganyka, la savane, les Andes et le milieu polaire sont ainsi représentés[17]. Populaires dans les années 1980, ces dioramas seront délaissés à leur tour[18].
Rénovation au 21e siècle
Au début du 21e siècle, le musée, qui a peu évolué, apparaît comme désuet[19]. En 2018, c'est le moins fréquenté de la ville[2]. Par ailleurs la mise aux normes de sécurité et d'accessibilité du bâtiment nécessite une rénovation de grande ampleur. Portée par l'Université en collaboration avec la Ville de Strasbourg, cette nécessaire transformation s'inscrit dans le cadre du Plan Campus — le respect de l'esprit du lieu et de la lisibilité des espaces intérieurs constituant une priorité. Le musée ferme au public le à l'issue des Journées Européennes du Patrimoine[20]. À partir d', les collections sont conservées au Pole d'étude et de conservation des musées de la Ville de Strasbourg[21],[22].

La durée des travaux avait d'abord été estimée à trois ans[23],[24]. Cependant le musée ne rouvre finalement ses portes que six ans plus tard, le [25].
De grands aménagements sont apportés. Ainsi, le cabinet de travail de Jean Hermann, figure emblématique de l'établissement, ne fait plus partie de la nouvelle muséographie, mais une sélection de ses collections est réinterprétée dans une installation à caractère contemporain[26].
Samuel Cordier, auteur d'une thèse en muséologie des sciences au Muséum national d'histoire naturelle (MNHN), est conservateur du patrimoine et directeur du Musée zoologique de Strasbourg depuis 2021[27].
Bâtiment
Hall d'entrée
Après l'ouverture du musée en 1893, la décoration du hall est confiée à la Kunstgewerberschule, future École supérieure des arts décoratifs de Strasbourg, dont le directeur est alors Anton Seder (de) (1850-1916). L'artiste, originaire de Munich, est connu comme l'un des principaux représentants de la tendance naturaliste du Jugendstil[28].
Sous sa supervision, huit grands panneaux peints à l'huile sur plâtre sont réalisés en 1894 et 1896, en étroite collaboration avec Georg Hacker (1865-1945), formé à la peinture et à la décoration de théâtre et qui enseigne à l'école depuis 1890. La nature – particulièrement les fonds marins et la jungle – nourrit leur inspiration[29].
La figure emblématique du musée a longtemps été une girafe taxidermisée située dans le hall d'accueil. Née au zoo d'Aalborg au Danemark en 1922, elle a vécu au zoo de Verviers en Belgique. À sa mort, elle a été naturalisée à Liège avant de rejoindre le musée zoologique de Strasbourg où elle est restée pendant 22 ans. En 2021 elle quitte le hall pour gagner les réserves[30].
Après la réouverture du musée en 2025 et le départ de la girafe, une nouvelle pièce majeure, suspendue au plafond, attire le regard du visiteur. Il s'agit du squelette d'une baleine, la bérardie d'Arnoux, ou baleine à bec d'Arnoux (Berardius arnuxii). En provenance de Nouvelle-Zélande, elle a été achetée au collectionneur de plantes et d'animaux James Dall (1840-1912[31]) en 1906. Cependant ce squelette doit sa reconstitution aux numérisations 3D des collections ostéologiques[32].
En contrepoint, au pied de l'escalier, un autre squelette, plus petit, a été installé, celui d'un phoque du Groenland (Pagophilus groenlandicus).
- Baleine à bec d'Arnoux.
- Phoque du Groenland.
Collections
En guise d'inventaire
En 2019, lors de la fermeture du musée, les collections présentées au public occupent 1 414 m2 et les réserves aménagées en rayonnages mobiles 757 m2. Les quelque 1 200 000 spécimens détenus par le musée sont représentatifs de tous les groupes zoologiques, sous forme de spécimens naturalisés à sec ou en fluide, de pièces ostéologiques et de peaux. La quasi-totalité des régions du monde y figurent, mais certaines sont plus présentes que d'autres, en particulier Jakarta, le Chili, Madagascar, les baies du Japon, l’Égypte et l’Abyssinie. Cette surreprésentation s'explique par le rôle de plusieurs professeurs de zoologie en poste à Strasbourg, de quelques directeurs du musée, des colonies allemandes, mais aussi de certains négociants fournisseurs[18].
À ce moment-là, 5 000 pièces sont exposées, essentiellement des spécimens naturalisés à sec, dont plus de la moitié (3 300) sont des passereaux disposés dans des vitrines[18].
- Vitrines d'oiseaux en 2011.
Depuis la réouverture en 2025, l'espace d’exposition s'étend sur 1 800 m2 répartis sur deux niveaux, organisés autour d'un atrium nommé « Hall de la biodiversité ». Le nouveau parcours de visite se limite délibérément à 1 800 pièces, dont 1 000 oiseaux, pas exclusivement des passereaux[18].
Ces collections comprennent notamment :

- 900 000 insectes ;
- 20 000 lots de mollusques ;
- 18 000 oiseaux ;
- 10 000 mammifères ;
- 5 000 reptiles et amphibiens.
S'y ajoutent de nombreux objets, ouvrages anciens, planches et supports pédagogiques[33].
Depuis 2013 le musée publie les données concernant ses collections sur le Global Biodiversity Information Facility (GBIF[34]).
En 2023 un projet scientifique associant les ressources du musée, notamment les anciens inventaires de l'époque allemande (1871-1918), et les collections paléontologiques du Jardin des sciences de l'université de Strasbourg a permis de dresser un nouvel inventaire, d'identifier les pièces manquantes ou détruites pendant les bombardements, d'établir des liens entre différentes parties d'un même spécimen[35].
Animaux totem
Ces pièces remarquables constituent les huit « animaux totem » de la nouvelle muséographie, qui font l'objet d'une exposition spéciale du au [36].

- Coelacanthe
- (Latimeria chalumnae). Les coelacanthes ont été redécouverts en 1938, alors que les biologistes les croyaient éteints depuis 70 millions d'années. Ce spécimen, qui figure parmi les pièces emblématiques du musée, a été pêché en 1967 à Salimani Hambou au large de la Grande Comore à 150 m de profondeur. Il mesure 1,2 m de long et pèse 30,8 kilogrammes. Son acquisition auprès du Ministère des Comores a été rendue possible grâce aux réparations des dommages de guerre. Le coelacanthe a voyagé jusqu’à Strasbourg dans un cercueil doublé de zinc, emballé dans du tissu imbibé de formol. En 2015, alors que ses conditions de conservation dans l'aquarium d'origine n'étaient plus conformes aux normes en vigueur, un reconditionnement a dû être envisagé. L'opération, qui a duré cinq mois, avait nécessité la fermeture du musée, ainsi qu'une évacuation des personnels travaillant dans la zone[37].
- Crocodile du Nil
- (Crocodylus niloticus). D'une longueur de 4 m, ce crocodile appartient à l'une des plus grandes espèces de crocodiles actuels. Acquis en Haute-Égypte, il s'agit probablement de celui envoyé au musée en 1850 par le docteur Alexandre Willemin (1818-1890), originaire de Strasbourg et médecin sanitaire au Caire[38].
- Éléphant d'Asie
- (Elephas maximus). Ce jeune éléphant provient de l'Est de l'Inde (vers 1900[30]).
- Éléphant de mer
- (Mirounga leonina). Ce spécimen est un mâle de taille moyenne. Il se distingue de la femelle par un nez en forme de trompe et peut être trois à quatre fois plus gros[30].
- Gorille
- (Gorilla gorilla gorilla). Gorille mâle des plaines de l'Ouest, l'animal a été abattu au Cameroun colonial allemand en 1913, puis acheté par Hermann Rolle (de), naturaliste et négociant. L'allure générale de l'animal et plusieurs de ses caractéristiques évoquent plutôt celles d'un être humain, car le taxidermiste n'avait pas vu l'animal vivant[30].
- Crocodile du Nil.
- Jeune éléphant d'Asie.
- Tête d'éléphant de mer.
- Gorille.
- Loup gris
- (Canis lupus lupus). Il provient de Russie (1907[30]).
- Morse
- (Odobenus rosmarus). Ce morse mâle a été acheté au frère Johann Friedrich Mehlhose, missionnaire au Groenland de 1819 à 1849. La peau, conservée dans du sel, a été acquise en 1851 par l'Association des amis de l'histoire naturelle pour le musée. La naturalisation a été faite à Strasbourg, mais une nouvelle intervention s'est avérée nécessaire en 2024, car l'animal avait perdu les poils de sa moustache[30].
- Rhinocéros de Sumatra
- (Dicerorhinus sumatrensis). Le spécimen a été rapporté de Sumatra par le naturaliste Alfred Duvaucel (beau-fils de Georges Cuvier, qui en fait don au musée en 1829)[38].
- Loup gris.
- Morse.
- Rhinocéros de Sumatra.
Espèces éteintes (ou gravement menacées)
La liste rouge de l'UICN, qui dresse l'inventaire mondial de l'état de conservation des espèces, définit neuf catégories de vulnérabilité, dont les espèces disparues (EX), les espèces disparues à l'état sauvage survivant uniquement en élevage (EW), les espèces en danger critique d'extinction (CR). À travers les spécimens qu'ils conservent, les musées d'histoire naturelle jouent un rôle majeur au service de la science et de l'éducation.[39].
Ainsi le Grand Pingouin (Alca impennis, désormais Pinguinus impennis), victime d'une chasse intensive, a disparu (cat. EX) : un dernier individu aurait été observé en 1852 au large de Terre-Neuve[40]. Cependant, vers 1780-1790 le zoologiste russe Peter Pallas avait offert à Jean Hermann un spécimen qui est exposé au musée de Strasbourg[41].
Autrefois très répandu dans toute l'Afrique du Nord, le lion de l'Atlas (Panthera leo leo) est une sous-espèce de lion déclarée éteinte à l'état sauvage (cat. EW)[42]. Toutefois ce spécimen de grande taille n'apparaît plus dans la nouvelle muséographie au moment de la réouverture.
- Grand pingouin.
- Lion de l'Atlas.
Une vitrine réunit une sélection d'espèces d'oiseaux disparues, ou en grave danger d'extinction.
[liste alphabétique]
- Ara de Spix
- (Cyanopsitta spixii). Ce perroquet bleu, ainsi nommé en hommage au zoologiste et explorateur allemand Johann Baptist von Spix, a longtemps été considéré comme une espèce éteinte à l'état sauvage, mais elle a été réintroduite dans la nature en 2022. Ce spécimen provient du Brésil.
- Conure de Caroline
- (Conuropsis carolinensis). L'espèce s'est éteinte en 1918, alors qu'elle était encore courante aux États-Unis au 19e siècle. Madame Kob, sœur de Jean Hermann, a fait don de ce spécimen en 1833[43].
- Huia dimorphe
- (Heteralocha acutirostris). Endémique du sud de l'île du Nord en Nouvelle-Zélande, l'espèce a été observée pour la dernière fois en 1907[44].
- Kakapo
- (Strigops habroptila). L'espèce, endémique en Nouvelle-Zélande, est en danger critique d'extinction[45].
- Moa
- (Dinornis). Le musée présente un squelette de moa juvénile, mais détient plusieurs autres spécimens, collectés au 19e siècle notamment par le naturaliste Sir Johann Julius von Haast, installé en Nouvelle-Zélande[46].
- Nette à cou rose
- (Rhodonessa caryophyllacea). Originaire d'Inde, cette espèce est présumée éteinte depuis 1935.
- Ninoxe rieuse
- (Ninox albifacies), anciennement Sceloglaux albifacies, est une espèce de chouette considérée comme éteinte[47].
- Piopio tanagra
- (North Island piopio (en),). Endémique de Nouvelle Zélande, l'espèce s'est éteinte en 1902.
- Tourtes voyageuses
- (Ectopistes migratorius). Le couple de tourtes voyageuses en provenance d'Amérique du Nord a été donné au musée en 1854[48].
- Ara de Spix.
- Conure de Caroline.
- Huia dimorphe.
- Kakapo.
- Moa.
- Nette à cou rose.
- Piopio tanagra.
- Tourtes voyageuses.
Modèles en verre des Blaschka

Le musée possède une collection unique en France de 53 modèles d'organismes marins, réalisés par deux artisans verriers originaires de Bohême, Léopold Blaschka (1822-1895) et son fils Rudolf (1857-1939)[50]. Ils doivent d'abord leur notoriété à des modèles de fleurs en verre, mais ces créations attirent l'attention des conservateurs de musées, à la recherche d'une solution alternative à l'exposition des invertébrés marins. En effet, méduses, anémones et limaces de mer sont généralement conservées dans l'alcool. Les spécimens perdent alors leurs formes et leurs couleurs. Par ailleurs, d'autres techniques usuelles (carton mâché, cire) ne restituent pas la translucidité ou la transparence de ces organismes[51]. Avec le verre, une fonction pédagogique et scientifique pourrait donc s'ajouter au savoir-faire artistique[52].
Ainsi, en 1890, Alexander Goette (1840-1922), directeur du musée et de l'Institut de Zoologie de Strasbourg, acquiert une série de 58 pièces (dont 53 ont été conservées[53]). Le choix des modèles reflète les préoccupations de ce professeur de zoologie et d'anatomie comparée. Outre certains animaux à taille réelle ou agrandie – parfois x 1 200 pour Clathrulina elegans – la collection comporte des modèles d'anatomie, de dissection, ou représentant des stades de développement embryonnaire, comme dans le cas de l'étoile de mer Asteracanthion pallidus. Ces pièces destinées au musée de Strasbourg sont les derniers modèles d'animaux fabriqués par les Blaschka[51], qui signent alors un contrat d'exclusivité avec l'université Harvard. Après la disparition de son père, Rudolf Blaschka se consacre uniquement aux modèles de fleurs et de fruits[52].
- Invertébrés marins (entiers).
- Clathrulina elegans (x 1 200).
- Dissections.
- Berthella aurantiaca (x 5).
- Lymnae stagnalis (x 2).
Modèles en papier mâché du docteur Auzoux

Le médecin français Louis Auzoux (1797-1880), élève de Guillaume Dupuytren, se passionne très tôt pour la création de modèles anatomiques utilisés dans l'enseignement de la médecine humaine et vétérinaire[54]. Alors que toutes sortes de techniques sont déjà en usage, il innove avec une préparation plus résistante et facile à mouler — une sorte de carton mâché –, composée de pâte à papier, de farine et de poudre de liège. Ses modèles, dits « clastiques », sont en outre constitués de plusieurs pièces démontables, permettant une meilleure compréhension des relations anatomiques[55].
La collection strasbourgeoise acquise en 1860 comporte une quinzaine de modèles agrandis, dont des organes humains (oreille, cœur, œil[56], cerveau[57]) et des modèles animaux, tels qu'une tête de serpent, un œuf de poule dévoilant quatre stades de développement du poussin, un œuf d'æpyornis [58], une chenille, un hanneton fermé et ouvert[59].
Ostéothèque
En 2009, le musée s'est doté de la première ostéothèque du nord-est de la France[60].
Elle réunit les ossements de la plupart des mammifères et des oiseaux susceptibles d’être représentés sur les sites archéologiques depuis le Mésolithique jusqu'à la période contemporaine en Europe tempérée (y compris les espèces disparues) et compte plus d’un demi millier de spécimens (squelettes, parties de squelettes, pièces isolées) de grands mammifères, d’oiseaux et de micromammifères[61].
- Crânes de mammifères, dont bison, bouquetin, chevreuil, renne.
- Squelette de cheval.
- Vertèbres de mammifères.
- Ossements d'oiseaux.
Accès
Ce site est desservi par les lignes C, E et F du tramway de Strasbourg, à l'arrêt : Université.
Fréquentation
| 2001 | 2002 | 2003 | 2004 | 2005 | 2006 | 2007 | 2008 | 2009 | 2010 | 2011 | 2012 | 2013 | 2014 | 2015 | 2016 | 2017 | 2018 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 50 057 | 42 146 | 35 278 | 43 142 | 31 618 | 36 548 | 38 848 | 42 577 | 48 016 | 37 755 | 32 369 | 33 921 | 32 706 | 23 081 | 35 607 | 40 498 | 40 918 | 41 949 |
Expositions
Jusqu'en 2019
- 1999 : « Photographes de nature ».
- 2000 : « Rats ».
- 2000-2001 : « Sucres en corps ».
- 2001 : « Je touche, tu vois, nous découvrons les animaux ».
- 2002 : « L'os vivant, la recherche en direct ».
- 2002 : « L'odyssée des espèces (petite histoire du monde) ».
- 2004 : « Mers et océans ».
- 2004 : « Espèces à suivre ».
- 2004 : « Insula Utopia » (Richard Rak).
- 2006 : « Destins d'animaux, objets et usages d'autrefois ».
- 2008 : « Chroniques zoologiques, 250 ans de collections ».
- 2009 : « Chromamix ».
- 2009 : « ART’ZOO » (exposition collective).
- 2016 : « Lumière, explorer l'impossible ».
- 2017-2018 : « Strasbourg, laboratoire d'Europe, 1880-1930 ».
À partir de 2025
- 2025-2026 : « Biodivercité. Les animaux de la ville »
Depuis la réouverture, le musée accueille aussi des expositions thématiques semi-permanentes, renouvelées par rotation. Les trois premières explorent les « écosystèmes du Rhin supérieur », la « baie de Sagami (Japon) » et la « nature au laboratoire », un espace consacré aux moustiques et aux abeilles[62].
- Écosystèmes du Rhin supérieur.
- Baie de Sagami.
- La nature au laboratoire.