Après avoir été administrateur délégué d'un établissement hospitalier en 1992, il est recruté comme conseiller juridique pour le haut commissariat du programme national de prévention de la toxicomanie en 1993. Il intègre en 1994 la commission pour la protection des données personnelles, puis devient le représentant de l'État portugais à l'Autorité de contrôle commune de Schengen (ACC) un an plus tard.
Il est élu membre du conseil supérieur du ministère public en 1997.
Fin de carrière politique et retour au secteur privé
Nuno Morais Sarmento est alors choisi comme chef de file dans le district de Castelo Branco et se trouve opposé au nouveau secrétaire général du PS José Sócrates. Le jour du vote, il est réélu député mais sa liste se contente de 26% et un siège sur cinq, soit un élu et douze points de moins qu'en 2002, tandis que la liste du responsable socialiste récolte 56% des suffrages.
Ayant quitté ses fonctions dans l'appareil du parti au XXVIIe congrès, en avril, il démissionne du Parlement le 11 août et se retire de la vie politique. Il reprend alors ses activités d'avocat.
