Prépublication (édition scientifique)

La publication des manuscrits dans une revue scientifique prend souvent des semaines, des mois ou même des années à partir de la soumission initiale, en raison des délais imposés par le processus éditorial (évaluation, interactions entre éditeur et auteurs, mise en forme puis mise en ligne et référencement par l'éditeur). L'utilité de faire circuler rapidement les résultats au sein d'une communauté scientifique a conduit les chercheurs, d'abord en physique et progressivement de plus en plus souvent dans d'autres disciplines, à distribuer au sein de leurs communautés des manuscrits devant encore être soumis à l'évaluation par les pairs^[13]. La distribution immédiate des prépublications sur les serveurs dédiés permet aux auteurs, tout en faisant date sur un résultat qu'ils jugent significatif, de recevoir les premiers commentaires de leurs pairs ; cela leur permet d'améliorer le manuscrit avant sa soumission^[13],[14].

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De longue date, les chercheurs en physique théorique avaient pour habitude de distribuer leurs manuscrits par courrier avant publication afin, notamment, de se protéger contre les mésactions supposées (retards abusifs ou vols d'idées) des rapporteurs sous couvert de confidentialité^[13]. En 1991, Paul Ginsparg a développé une archive électronique ouverte, ArXiv, afin de faciliter, d'élargir et de fiabiliser cette pratique. L'initiative est hébergée par des institutions publiques: d'abord le Los Alamos National Laboratory puis l'Université Cornell. La diffusion des prépublications s'est élargie rapidement aux sciences sociales (Social Science Research Network lancé en 1994) et à l'économie (RePEc lancé en 1997).

Pour les chercheurs ne s'inscrivant pas dans ces disciplines, la diffusion des prépublications a longtemps nécessité de recourir à des outils plus généralistes, comme les archives ouvertes de leurs établissements ou les réseaux sociaux académiques tels que Academia.edu et ResearchGate, fondés en 2008.

Le développement des serveurs de prépublications, leur adoption et leur légitimation par un nombre croissant de communautés disciplinaires est un fait marquant de la décennie 2010. Après quelques initiatives infructueuses (telles que CogPrints en sciences cognitives, ou Nature Precedings, fermée en 2012 après 5 ans d'existence), 18 plateformes ont été créées entre 2013 et 2018, sur une base disciplinaire, géographique, linguistique, ou en lien avec des financeurs de la recherche ou des éditeurs. L'une des premières a été la plateforme BioRxiv^[15], créée en 2013 par le laboratoire Cold Spring Harbor afin de développer le partage des preprints en biologie. La même année l'éditeur PeerJ a ouvert la plateforme PeerJPreprints, également liée à la biologie. De son côté, le Center for Open Science gère une vingtaine de plateformes partageant la même infrastructure (SocarXiv, engrXiv, PsyArXiv, etc.). En 2017, trois éditeurs majeurs du secteur de la chimie (American Chemical Society, German Chemical Society et Royal Society of Chemistry) se sont unis pour créer ChemRxiv, une plateforme dédiée aux prépublications en chimie^[16]. A l'été 2019 les créateurs de BiorXiv associés au British Medical Journal et à l'université de Yale annoncent l'ouverture de la plateforme MedRxiv^[17] dédiée à la médecine, domaine pourtant historiquement peu engagé dans le mouvement de diffusion des prépublications en raison du risque pour les patients et les médecins de s'appuyer sur des études non validées par les pairs^[18]. Cette période est également marquée par l'ouverture des services généralistes Zenodo (2013) et Figshare (2011) , qui peuvent accueillir des prépublications et d'autres types de documents et de données scientifiques.

Ce mouvement a été accompagné par l'émergence de modèles et services éditoriaux innovants basés sur la valorisation des prépublications. La plateforme de publication en libre accès F1000Research lancée en 2012^[19] rend visible les articles soumis, encore au stade de prépublications, et permet de suivre de manière transparente les différentes étapes de validation scientifiques. Plus récemment le système distribué d'évaluation par les pairs « Peer Community in », lancé début 2017 a pour but d'organiser des communautés de chercheurs capables d’évaluer scientifiquement des prépublications relatives à leur domaine.

La publication préalable d'une prépublication peut disqualifier la soumission pour publication dans certaines revues, notamment en biologie. En effet, depuis les années 1960 et semble-t-il afin de ralentir le développement de l'usage prépublications^[20], certains éditeurs assimilent leur usage à une duplication contrevenant à la règle d'Ingelfinger. Cette attitude est toutefois de plus en plus rare aujourd'hui. Le site RoMEO^[21] résume les conditions imposées par chaque journal^[13].

Le mouvement Accelerating Science and Publication in Biology (ASAP-Bio) assure la promotion de l'usage des prépublications en Biologie, auprès de toutes les parties prenantes : institutions, agences de financement et d'évaluation, revues scientifiques, auteurs.

La rédaction d'articles scientifiques par l'intelligence artificielle est généralement repérée et refusée par les revues à comité de lecture. En 2025, un serveur de preprints accepte officiellement ce type de publications^[22].

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En janvier 2017, le Conseil de la Recherche Médicale a annoncé qu'il soutenait l'usage des prépublications^[23] dans le domaine biomédical. En janvier 2017, le Wellcome Trust a déclaré qu'il acceptait les références aux prépublications dans les demandes de subvention^[24]. Les National Institutes of Health ont adopté une position similaire en mars 2017^[25]. C'est en fait le cas, depuis fin 2016, d'un nombre croissant d'institutions^[26] et d'agences de financement^[27].

En France, les deux alliances de recherche pour la santé (Aviesan)^[28] et pour l'environnement (AllEnvi)^[29] ont indiqué en octobre 2017 qu'elles considéraient les prépublications comme une forme recevable de communication scientifique, sous réserve qu'ils soient archivés dans un serveur présentant notamment certaines garanties d'un service de type FAIR ("Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable"), et un horodatage des archivages.

Les archives ouvertes institutionnelles accueillent habituellement les prépublications dans le cadre de leur politique de libre accès à la connaissance et aux savoirs. C'est par exemple le cas en France de l'archive HAL, utilisée par le CNRS et la plupart des universités, mais adoptée très inégalement selon les disciplines^[13].

Début 2023, dans la revue Nature, Richard Sever^[30] soutient que les institutions ont le devoir de former les jeunes chercheurs à l'examen par les pairs et à faire de prépublications. Contrairement à l'évaluation classique des revues, souvent opaque et réservée aux chercheurs établis, l'examen des preprints offre une plateforme ouverte permettant aux doctorants de démontrer concrètement leurs capacités de synthèse, de critique scientifique et de rédaction. En institutionnalisant cette pratique et en utilisant des outils comme ORCID pour certifier ces contributions, les universités transformeraient un exercice pédagogique en preuve de savoir et de savoir faire, monnayable sur un CV car authentifiable pour de futurs employeurs, tant dans le secteur privé que dans l'édition ou le droit des brevets. Ceci favoriserait une transition professionnelle plus équitable, tout en améliorant globalement la rigueur et la bienveillance du processus d'évaluation scientifique^[31].

Adaptation à l'ère de l'IA

Vers le milieu des années 2020, le monde des système des serveurs de prépublication, d'abord prévu pour un partage rapide et ouvert des connaissances doit muter pour s'adapter à deux phénomènes apparus l'un après l'autre, et tous deux liés à l'avènement de l'informatique puis des modèles d'intelligence artificielle générative^[32] :

• la hausse du nombre d'articles médiocres, trompeurs, mercantiles ou frauduleux (« junk science », souvent issus d'usines à articles^[33], des « sociétés peu scrupuleuses [qui] créent à foison de fausses revues scientifiques qui acceptent de publier, moyennant finances, des travaux parfois fragiles, voire carrément frauduleux ou fantaisistes »)^[34] ;
• une hausse régulière, depuis 2023, de manuscrits en grande partie générés par IA, susceptibles de contenir des hallucinations de l'IA, des erreurs méthodologiques, etc.^[35].

Cette double menace contraint les plateformes à durcir leurs protocoles de modération. Elles doivent pour cela délaisser leur neutralité originelle pour adopter des critères de sélection qualitatifs plus proches de ceux des revues à comité de lecture^[32] (où l'utilisation de l'IA par les reviewers est aussi questionnée). Les moyens et méthodes de contrôle varient selon l'échelle des serveurs (allant de l'entretien individuel pour les petites structures à des systèmes d'endossement par les pairs ou des filtres automatisés pour les dépôts massifs comme arXiv. Ces nouvelles barrières risquent paradoxalement d'entraver, ou au moins freiner la recherche légitime, ce qui soulève un dilemme pour la science ouverte : trouver un équilibre (difficile) entre la protection de l'intégrité scientifique et le maintien d'un accès universel et sans entrave à l'information. Durant la pandémie de Covid 19, la majorité des serveurs de prépublication disposaient de protocoles de vérification, 75 % d'entre eux ayant publié leur procédure ; des plateformes comme bioRxiv et medRxiv appliquaient déjà un double filtrage, associant un examen interne contre le plagiat à une évaluation par des experts bénévoles pour identifier les contenus non scientifiques ou les risques de biosécurité)^[32]. Cette vigilance s'est intensifiée avec la pandémie de Covid-19, poussant les modérateurs à bloquer les théories du complot, les allégations médicales sans fondement ou les conclusions basées uniquement sur des calculs théoriques ; par exemple : « arXiv, qui reçoit plus de 25 000 soumissions par mois […] le dépôt utilise un « système d’approbation » pour vérifier qu'une soumission provient de membres de la communauté scientifique. Le système exige que les nouveaux soumissionnaires aient à la fois une adresse électronique institutionnelle et une auteur antérieure d'un article dans le même domaine scientifique. S'ils ne le font pas, ils doivent obtenir un avenant personnel d'un auteur arXiv établi […] arXiv a mis à jour (en 2025) sa pratique de modération pour certains types d'articles en informatique, demandant aux auteurs de soumettre des documents démontrant un examen par les pairs réussi avant que de tels articles ne soient considérés pour l'acceptation. L'objectif de la mise à jour était, en partie, de « soulager les modérateurs » pour qu'ils puissent effectuer d’autres tâches, et de réduire le nombre de soumissions retenues dans le système »^[32]. Ces dispositifs visaient moins à évaluer la qualité académique qu'à prévenir la diffusion d'informations potentiellement nocives pour la santé publique, tout en préservant une diversité d'approches entre les différents dépôts. Et dans le même temps, les grandes revues médicales avaient également fortement accéléré leur procédures de revue par les pairs^[32].

Selon l'état de leur validation et de leur publication dans une revue scientifique, on considère que les manuscrits auteurs sont des prépublications (pas encore évalués) ou des postprints (déjà évalués) même si dans l'usage courant, le terme preprint est parfois utilisé sans distinction. Preprints comme postprints sont susceptibles de différer de la version finalement publiée, notamment par leur mise en forme. En réalité, on distingue plus de statuts successifs que cela dans la vie d'un manuscrit, selon l'état dans lequel il se trouve et selon son niveau de validation par les pairs, et ces statuts diffèrent selon les champs disciplinaires^[36].

Certains chercheurs vont jusqu'à suggérer que les prépublications pourraient se substituer aux articles publiés de manière classique dans les revues scientifiques^[37].