En août 1992, Kotcharian devient Premier ministre de la république auto-proclamée du Haut-Karabagh, avant d'être élu président de celle-ci en décembre 1994.
Premier ministre d'Arménie
Le , il est nommé Premier ministre d'Arménie. À la suite de la démission du président Levon Ter-Petrossian le , Kotcharian devient président de la République par intérim.
Les positions ultra-nationalistes de Kotcharian sont son atout politique majeur. Il a régné sur le Haut-Karabagh en gardant ses positions belliqueuses face à l'Azerbaïdjan et en matant de manière autoritaire toute opposition à son pouvoir. Habile politique, il a, malgré ses positions, réussi à faire subsister le cessez-le-feu en vigueur depuis 1994 avec le voisin azéri.
Ancien cadre du parti communiste à l'époque de l'Union soviétique, il est désormais indépendant de tout parti.
Certains voient la main de Kotcharian derrière l'irruption le d'un commando au Parlement[1] et l'assassinat de deux rivaux de Kotcharian: le président de l'Assemblée nationale Karen Demirtchian et le Premier ministre Vazgen Sargsian.
En avril 2002, des manifestants protestent contre l'acquisition par des proches de Kotcharian de la chaîne de télévision indépendante A1+; en août la compagnie nationale d'électricité est vendue à une obscure société financière off-shore. Beaucoup de voix se sont aussi élevées, dont celle de l'OSCE, pour protester contre les fraudes électorales qui ont accompagné la réélection de Kotcharian à la présidence le .
Début 2004, des centaines de personnes manifestent à Erevan demandant la mise en place d'un référendum pour révoquer Kotcharian[2].
Arrestation
Manifestation contre la décision de la cour d'Erevan de libérer Kotcharian (mai 2019).
Son procès pour «rupture de l'ordre constitutionnel» s'ouvre le [5]. Il risque 15 ans de prison[6].
Le , peu après une décision de la cour d'Erevan de le libérer provisoirement, le Premier ministre Nikol Pachinian appelle à des blocus des tribunaux[7]. Il promet alors de «purger le système judiciaire» qu'il accuse d'être «illégitime» et d'être un «vestige» de l'ancien gouvernement[8]. Le , il est de nouveau arrêté[9].
Le 25 mars 2021, la Cour constitutionnelle abandonne les charges, arguant que Kotcharian bénéficie de l'immunité présidentielle[10].
Vie privée
Il est marié et père de trois enfants, Sedrak, Gayane et Levon.
