L'endroit fut construit à l'origine par Ōkubo Nagayasu durant l'ère Keichō au début de la période Edo. Il existait le long du Nakasendō une route plus courte qui reliait directement Shimosuwa-shuku à Niekawa-juku mais la route fut modifiée pour inclure cette shukuba, ainsi que Seba-juku et Motoyama-juku après la mort d'Ōkubo. Finalement, cette étape devint la station qui reliait Shimosuwa-shuku et Seba-juku. Du temps de sa période la plus active, il y avait plus de 70 bâtiments dans la ville qui prospérait en étant un des kokudaka du domaine de Matsumoto. Du fait de sa taille, la station fut divisée en « partie haute », « partie centrale » et « partie basse[1] ». Durant l'ère Meiji, un grand incendie détruisit presque toute la ville[1].
La station servait aussi de terminus pour le Shio no Michi, une route commerciale qui apportait le sel à l'intérieur du Japon. Les archives indiquent qu'en 1843 Shiojiri-juku comptait 794 résidents et 166 bâtiments, dont un honjin, un honjin secondaire et 75 hatago.
