Il commence sa carrière chez Lavalin. Il devient ensuite vice-président exécutif d'Hypocrat de 1987 à 1990, puis président d'Innovitech de 1991 à 1999. De 1998 à 1999, il est vice-président du Fonds de solidarité des travailleurs du Québec (FTQ), puis président de Métaforia Entertainment de 1999 à 2001. Il devient associé principal chez Secor en 2002 et en 2003, puis chef de l'exploitation chez Orthosoft en 2004. Il est président fondateur de Synergis Capital de 2004 à 2017[1].
À partir de 2000, il devient membre de plusieurs conseils d'administration, soit Léger Marketing de 2000 à 2018, Sc360 depuis 2010, Systemex Communications en 2012, Citoxlab depuis 2017. Il est également président du conseil d'administration d'Adventure Gold de 2010 à 2016 et de Techbanx d' au [1].
Carrière politique
Il est à l'origine un péquiste, partisan de Pierre Marc Johnson dans les années 1980[2]. Il occupe d'ailleurs plusieurs fonctions au sein du Parti québécois de 1986 à 1990 en plus de participer à la fondation du Bloc québécois en 1990 et à celle de l'Action démocratique du Québec en 1994. Au sein de ce parti, il participe à la commission constitutionnelle en faveur du Oui en 1995 et est stratège électoral et président de la commission politique de 1994 à 2008.
Le , il devient président de la Coalition avenir Québec, poste qu'il conservera jusqu'à sa démission le [3].
Il est membre du conseil d'administration de la réputée firme de sondage Léger[4].
Le , Le Journal de Montréal révèle que Stéphane Le Bouyonnec était aussi président du conseil d'administration de l'entreprise derrière Finabanx, une entreprise qui offre des prêts financiers excédant les 90% de taux d'intérêt via son outil iCash[5].
Le , il est nommé sous-ministre du ministère de la Cybersécurité et du Numérique[6].
↑ Jacques Parizeau tome III, Pierre Duchesne, p.176: «En novembre 1990, Forum-Québec devient le Mouvement Québec 91. [...] La présence active d'Isabelle Courville et de Stéphane Le Bouyonnec, deux johnsonnistes qui détestent férocement Jacques Parizeau, inquiète toutefois le chef du Parti québécois qui en est bientôt informé.»