Responsable éditorial adjoint d'Arte radio.com de 2006 à 2008, Thomas Baumgartner contribue à créer l'Ouvroir de radiophonie potentielle ou OuRaPo, et la plateforme des audioblogs d'Arte Radio.
Entre 2009 et 2011, Thomas Baumgartner propose Les Passagers de la nuit[2], un rendez-vous de création radiophonique tous les jours à 23 heures. À la rentrée 2011, il anime le vendredi soir L'Atelier du son, puis Supersonic, toujours à 23 heures et sur France Culture.
Durant l'été 2012, Thomas Baumgartner produit et anime Antibuzz sur France Inter, émission consacrée au numérique.
Thomas Baumgartner a publié un livre intitulé L'Oreille en coin, une radio dans la radio aux éditions Nouveau Monde / Radio France / INA (2007), en 2010 le coffret Une Afrique en Radio - Archives de Robert Arnaut, le griot blanc (éd. Frémeaux / France Inter / INA) et en 2011 le coffret Rencontres possibles et impossibles (mêmes éditeurs).
En 2014, il est l'un des cofondateurs de Live Magazine, revue «vivante», sur scène[3].
À partir de l'été 2015, Thomas Baumgartner anime chaque soir, de 18h15 à 19h, sur France Culture Du grain à moudre l'été.
Le , Thomas Baumgartner quitte France Culture pour le poste de rédacteur en chef de Radio Nova[4], qu'il occupe jusqu'en 2018.
