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Il réintègre le Conseil d'État en , pour occuper les fonctions de secrétaire général adjoint.
De 2004 à 2008, il est commissaire du gouvernement à la Section du contentieux. Il a notamment conclu sur les affaires du Clemenceau et KPMG (2006, consécration du principe de sécurité juridique), ou encore sur l'affaire Commune d'Annecy (2008, valeur constitutionnelle de la Charte de l'environnement).
Parallèlement, il a été Directeur de la Mission de recherche Droit et Justice, organisme de soutien à la recherche rattaché au ministère de la Justice (2004-2009).
En 2009, il est nommé assesseur à la 6e sous-section de la Section du contentieux du Conseil d'État.
En , il devient avocat et rejoint le cabinet Bredin-Prat où il crée et dirige le département de Droit public.
Il démissionne du Conseil d'Etat le 1er septembre 2021.
Autres activités
Il préside la Commission Environnement du Club des juristes, auteur de plusieurs rapports proposant des améliorations du droit de l'environnement, notamment: "Mieux réparer le dommage environnemental" (2012) et "Améliorer l'efficacité du droit international de l'environnement" (2015).
En 2017, avec Laurent Fabius (président du Conseil constitutionnel et ancien président de la COP 21), il lance l'initiative d'un Pacte mondial pour l'environnement, projet qui a été porté à l'ONU par le Président Emmanuel Macron, et sur lequel des négociations internationales ont été ouvertes par une résolution de l'Assemblée générale des Nations unies du . En 2020, il crée la "Global Pact Coalition", organisation internationale accréditée à l'ONU, destinée à promouvoir le projet de Pacte mondial pour l'environnement.
En 2014, il reçoit le Prix du livre juridique pour son ouvrage Droit public français et européen, co-écrit avec Bernard Stirn, ancien président de la Section du contentieux du Conseil d'État[1]. Il est également le co-auteur de «A Global Pact for the Environment: Legal Foundations» (Yann Aguila & Jorge E. Viñuales (eds), Cambridge: C-EENRG, 2019) et «Principios de Derecho Ambiental y Agenda 2030» (Yann Aguila, Carlos de Miguel Perales, Victor Tafur & Teresa Parejo, Tirant lo Blanch, 2019).
