アリス館の源流の一つである牧書店は1947年創業の出版社であり、日本児童図書館出版協会の設立にも加わるなど、児童書分野で一定の影響力を有していた[2][3]。1970年代に経営不振に陥ったのを機に愛知県名古屋市に本社を置いていた洛英社に吸収され、同社の絵本部門と統合する形で1975年に株式会社アリス館牧新社が設立される[2][4]。
1981年に親会社の洛英社が破産したことを受け、同年8月に経営体制を一新した上で独立し、株式会社アリス館が設立される[2][5]。1981年を現会社の設立年とし、2021年に設立40周年を迎えた[1]。