ベクトルポテンシャル
と スカラーポテンシャル
で記述される電磁場中の、質量
、電荷
の粒子のパウリ方程式は
Pauli equation (general)
![{\displaystyle \left[{\frac {1}{2m}}({\boldsymbol {\sigma }}\cdot ({\boldsymbol {p}}-q{\boldsymbol {A}}))^{2}+q\phi \right]|\psi \rangle =i\hbar {\frac {\partial }{\partial t}}|\psi \rangle }](https://wikimedia.org/api/rest_v1/media/math/render/svg/6ff40193b8221e76bacd942e93bd61e2f38836dc)
ここで
はパウリ行列を簡便性のためベクトルの形に並べたもの、
は運動量演算子。

は2成分スピノルの波動関数で、列ベクトルをブラ-ケット記法で表している。
ハミルトニアン
![{\displaystyle {\hat {H}}={\frac {1}{2m}}\left[{\boldsymbol {\sigma }}\cdot ({\boldsymbol {p}}-q{\boldsymbol {A}})\right]^{2}+q\phi }](https://wikimedia.org/api/rest_v1/media/math/render/svg/945638afbcec9f87d4334bc454cbf73897b46cee)
は、パウリ行列が含まれるため 2 × 2 行列である。これをシュレーディンガー方程式に代入して得られるのがパウリ方程式である。このハミルトニアンは電磁場と相互作用する電荷の古典的ハミルトニアンの類似物である。古典の場合の詳細についてはローレンツ力を参照。電磁場がないときの自由粒子の運動エネルギー項は、運動量を用いて単純に
となるが、電磁場が存在するときは最小結合(英語版)により
(正準運動量)のように取り込まれる。
パウリベクトルの恒等式:

を使うとパウリ行列を運動エネルギー項から除くことができて、
Pauli equation (standard form)
![{\displaystyle {\hat {H}}|\psi \rangle =\left[{\frac {1}{2m}}\left[\left({\boldsymbol {p}}-q{\boldsymbol {A}}\right)^{2}-q\hbar {\boldsymbol {\sigma }}\cdot {\boldsymbol {B}}\right]+q\phi \right]|\psi \rangle =i\hbar {\frac {\partial }{\partial t}}|\psi \rangle }](https://wikimedia.org/api/rest_v1/media/math/render/svg/711bd19160fdcc0b3d3b502b7530632a2b5de3f7)
が得られる[2]。ここで
は磁場。