2023年5月19日、本田勝元国土交通事務次官による空港施設への人事介入問題で、朝日新聞が問題を報じる2日前の3月28日に、久保田が本田と会食していた事が明らかとなった[18]。
斉藤鉄夫国土交通大臣は当初「会費は払ったと報告を受けた」と国会で説明していたが、実際には1人あたりの費用1万9085円のうち8千円のみが会費として支払われ、差額は事業者が負担しており、「報告が著しく遅れたことは極めて問題」として厳重に注意がなされたことが、5月25日の国会で斉藤より説明された[19][20]。
久保田航空局長は次期官房長候補ともされ、将来を嘱望されていたが、温厚な性格で知られる斉藤大臣が珍しく対応に激怒し[21]、6月23日、国土交通省は、この会食で利害関係にある建設資材業者から接待を受け、土産をもらったとして、国家公務員倫理規程違反を認定。久保田を戒告の懲戒処分にした。また、再就職等監視委員会へ調査を申し入れた[22]。
同月27日、国土交通省は久保田が7月4日付で辞職すると発表した[7]。辞職の理由について斉藤大臣は、「個別の人事についてコメントすることは差し控えたいと思いますが、本件も含め適材適所の人事を行う結果として、今回の人事となったものです」と説明したが[23]、省の複数の幹部は引責辞職であるとの認識を示した[24]。また、本田も東京地下鉄代表取締役会長を辞職し[25]、空港施設の代表取締役社長の再任も株主総会において日本航空やANAホールディングスの反対で否決され退任した[26]。
