流域は低地で河川が密集しているため、豪雨による冠水や床上浸水が頻繁に起こっている。だが市境が入り組む河川であることから整備が進まない状況にある。また下水道合流処理区域であることから、下水道事業とも関連が深い。
当初は船橋市の管理下にあり、1987年（昭和61年）度・1991年（平成3年）度に河川改修計画が出されたが、地方分権一括法の制定以降2004年（平成16年）4月に協議を行い、市域ごとにそれぞれ両市が事業を進めることとなった。2008年（平成20年）12月には河川の維持管理協定が両市で締結された。具体的に、二俣川には市川市二俣2丁目3番地先に水門があり、集中豪雨時に雨水を直接放流するための放流渠が接続している。そこより上流端の本郷排水機場までが市川市、下流端の西浦排水機場までが船橋市の管轄という取り決めがなされた。以降船橋市側が護岸工事を進めており、市川市側も費用負担を行っている。
また県道179号に歩道がない部分があることから、川の一部を蓋で覆い歩道とする要望も出されている。それに応じて設置が1998年（平成10年）10月に検討されて以降、2002年（平成14年）より着工する予定で、川幅半分（約2.5m）の張り出し歩道で協議が進められているが、地権者との兼ね合いで滞っている。
