知事在任中に粉飾決算を行い破綻した佐賀商工共済協同組合の問題について、佐賀県は、井本には粉飾を把握しておきながら対策を講じなかった責任があるとして県が元組合員に対して支払った損害賠償を井本に対して求償していたが、井本は支払いを拒否する意向を明らかにしている。佐賀県は2008年6月開会の定例県議会に諮った上で井本に対する求償請求訴訟を2008年（平成20年）8月27日に佐賀地方裁判所に提起した。
1993年から1998年にかけて、佐賀県庁でコピー機の使用料をリース会社に水増し請求させることで裏金が作られたとして、市民グループが井本を相手取り訴訟を起こした。一審の佐賀地方裁判所は請求を認めたが、控訴審の福岡高等裁判所は、一審判決を破棄し請求を棄却した[6]
