キャッチフレーズは「星の声援、月の伴走。」[1]。夜間に開催することで沖縄の高温多湿な日中を避けるとともに、夕日、星空、月夜といった伊平屋島の自然環境を生かしたランニングイベントとして始まった。
国内において夜間開催の長距離マラソン大会は当時ほとんど例がなく、本大会は先駆的な試みとして位置づけられている[2]。
大会は伊平屋ムーンライトマラソン実行委員会が主催し、伊平屋村および地元関係者の協力のもと開催されている。ランナーと村民の交流を重視しており、前夜祭・後夜祭を含めた島全体でのイベントとして運営されている[3]。