元和8年2月（1622年）、キリシタン同様に藩より邪宗門とされた大眼宗（「後藤寿庵」項目参照）の指導者である厳中の捕縛に、横手城搦手城代（副城代）であった父の宣宗が失敗して改易された[4]。宣宗は家中を退去し、江戸で蟄居したが、後の寛永6年（1629年）に久保田藩に呼び戻されたが、横手西方坂井田の水沢に幽居して寛永9年（1631年）に死去した。隆宗はこの間に生まれたとされる[5]。
佐竹東家出身の父の死後、佐竹南家出身の母が各所に嘆願を続けた結果、寛永10年（1633年）2月26日、佐竹義宣の死去により家督を相続した新藩主佐竹義隆の正室が、佐竹南家の佐竹義章の娘であったということもあってか、寛永21年1月1日（1644年2月8日）に家格引渡二番坐、石高560石で秋田伊達家の家名再興が認められた。
宣宗と同じく、藩主の佐竹義隆より偏諱を拝領している。