創立年代は不祥。一説では仁徳天皇65年、武振熊命が両面宿儺を討伐のため飛騨国に進軍したさい、応神天皇を奉祀し、戦勝祈願を行った場所の一つであったという。武振熊命が戦勝祈願を願った場所に建立された飛騨八幡八社(位山、中津原(下原八幡神社)、乗政(乗政八幡神社)、森(森水無八幡神社)、久津(久津八幡宮)、一宮(飛騨一宮水無神社)、石浦(若宮八幡神社、高山(桜山八幡宮))の一つと言われている(戦勝祈願を行った場所は桐山(八幡神社)、無数河(八幡神社)を含む説もある)。
嘉永元年(1848年)再建。
1871年(明治4年)に村社となる。1956年(昭和31年)に位山八幡神社に改称する。
御神体は円空作の観音像である。