駅舎はプラットホームと一体的な構造であり、地上2階建て、地下2階建て、延べ床面積は16,000 m²である[2]。駅舎は海や大地を飛ぶカモメをイメージした外観となっており、ホームの上屋はカモメの翼を模したデザインである[3][4]。青と白を基調とした内外装であり、駅舎内には南通の風景を描いた絵画が展示されている[5]。
プラットホームは単式2面と島式2面であり、中央に通過線2本を有する4面8線である[6]。
国鉄線に加えて、当駅には南通軌道交通1号線が乗り入れており、地下鉄南通西駅が設けられている。
待合室
4番·5番線ホーム
地下鉄駅に続く階段と案内表示