今須領主（鎌倉氏族）長江氏の一族の長屋景頼が、垂井の領主になってから築かれたとされている。天文年間に長屋景興が相羽城に居を移したが、1547年（天文16年）に斎藤道三の侵攻により相羽城で景興が戦死し、長屋氏は没落する。この時に垂井城も廃城もしくは機能が大きく損われたとされている。その後、1600年（慶長5年）に平塚為広が垂井領1万2千石で入封すると、垂井城を居城として整備拡張したと思われるが、同年の関ヶ原の戦いで為広が討死したため廃城になる。景興が戦死してから為広が入城するまでの期間は不明である。
