1864年（元治元年）、現在の茨城県古河市に生まれる[1]。その後、東京・築地の立教大学校（現在の立教大学）で修学した[4]。
1890年（明治23年）に兵庫県赤穂郡矢野村（現在の相生市）で、貧しい家庭の子供たちを育てる施設として『博愛社』を小橋勝之助、小橋実之助（小橋兄弟）、沢田寸二、前田英哲らとともに創設し、林歌子らの協力者と孤児の養育に尽力する[4][5][6]。
博愛社が、岡山孤児院と合併すると、岡山孤児院に移って活動を進める[5]。
岡山孤児院の創設者である石井十次が亡くなった後、同施設は宮崎県茶臼原に移るが、小野田は教育部長として事業の継続に尽力した[4]。
