2018年に広東省人民政府が珠江デルタの都市間鉄道の運営を広州地鉄集団に委託することを正式に決定し[1]、2019年9月6日に「広東城際鉄路運営有限公司」として正式に発足する。
その前に、広東省鉄投集団と広州地鉄集団が「広東省都市間鉄道委託運輸管理の基本協定」を締結し、広東省が保有する3路線（広清都市間鉄道〈広州北～清遠〉、広州東環都市間鉄道〈広州北～白雲機場北〉、広肇都市間鉄道〈広州南～仏山西〉）と、珠江デルタ都市間鉄道の運行指令センターの管理を広州地鉄集団に委ねました[1]。
2020年6月、珠江デルタ都市間鉄道会社と広東城際は「珠江デルタ都市間委託運輸契約」とその細則を取り交わし、同時に「珠江デルタ都市間運行指令センター管理規程（試行版）」を発表しました。この契約に基づき、広清都市間鉄道の花都駅～清城駅区間や広州東環都市間鉄道の花都駅（除外）～白雲空港北駅区間、さらには指令センターなどの施設が一括で委託され、広東城際が運営を担うことになりました（期間3年）[3]。
2020年10月27日には正式に鉄道運輸許可（番号：TXYS2020-20080）を取得し、「都市間鉄道旅客輸送」が認可されました（有効期間：2020年10月27日～2040年10月26日）[4]。
2021年12月29日、珠江デルタ都市間鉄道（広州都市圏）の建設事業と、広東珠江デルタ都市間鉄道交通有限公司の管理権が広州地鉄集団へ移管されました。これにより、珠機都市間鉄道、広仏肇都市間鉄道、莞惠都市間鉄道、穂莞深都市間鉄道、広清都市間鉄道、新白広都市間鉄道といった路線の運営・管理を広州地鉄集団が担うこととなりました[5]。
2023年11月1日、広東城際は広惠都市間鉄道（東莞西 - 小金口）区間と広肇都市間鉄道（仏山西 - 肇慶）区間の運営許可を得て、新たな鉄道運輸許可（番号：TXYS2023-20096）を取得しました[6]。そして2024年1月22日に運営権の引き継ぎを完了し、翌23日から営業運転を開始しました[7]。
2024年5月22日には、広肇都市間鉄道（仏山西 - 番禺）区間と広惠都市間鉄道（番禺 - 東莞西）区間の運営許可を追加取得し、新たな鉄道運輸許可（番号：TXYS2024-20099）も発行されました[8]。同年5月26日正午より、これらの区間も正式に営業を開始しました[9]。
2024年12月27日、広東城際はさらに広清都市間鉄道（清城駅 - 飛霞駅）区間の運営許可を得て、新しい鉄道運輸許可（番号：TXYS2024-20105）を取得しました[10]。この区間は翌日から運行を開始しています[11]。