創建時期は不明。安土桃山時代以前よりこの地には小さな祠が存在していたという。
天正年間、郡上八幡城城主遠藤慶隆が戦勝祈願、城の鎮護のために、この祠に安久田村（後の相生村。八幡町を経て現・郡上市）の日吉社を勧請合祀し、社殿を造営する。その後一時衰退するが、正保2年（1645年）に再興される。以後歴代郡上八幡城城主により保護される。
明治時代には旧社格制度により、郷社に指定された[2]。
1979年（昭和54年）3月20日、岐阜県神社庁より県神社庁長参向指定神社（金幣社）の指定（金78号）を受ける。
