1982年(昭和57年)10月、日本銀行創立百周年を記念して設立された。同年に設置(1985年(昭和60年)11月に開館)された貨幣博物館の運営も担当し、貴重な貨幣の収集研究と公開も行っている。
また、1999年(平成11年)9月に、金融研究所内にアーカイブを設置し、目録掲載が可能となった歴史的文書を公開している。2005年(平成17年)4月には、情報技術研究センター(CITECS、サイテックス)を設置して、金融業界の国際標準化の推進、金融業界内の情報共有体制の整備、新しい情報セキュリティ技術の研究開発などを行っている。