1927年(昭和2年)に長谷川藤作が長谷川菓子舗を創業し[1]、標津郡標津村中標津原野東1条南1丁目に店舗を構え羊羹の販売を行った。
長谷川菓子舗は、藤作の次男・茂が2代目を継ぎ、茂の子息・祐一が3代目として継いでいる[1]。
1975年以降、創業者・長谷川藤作から子孫に会社が引き継がれる際、有限会社長谷川菓子舗(標津羊羹、および、お菓子類の販売)と株式会社標津羊羹本舗(標津羊羹の製造)に分業し、現在に至る。
2016年にフランス・パリで開催された「YOKANコレクション」では日本各地から11軒の羊羹の展示と試食が行われたが、その中の1つに標津羊羹が含まれていた[5]。