父と同じく白河院に近侍し院蔵人を務めた後、寛治7年(1092年)に堀河天皇の六位蔵人となる(『蔵人補任』)。嘉保元年(1094年)に三河守に任ぜられるが、同年8月、白河院を呪詛したとして伊豆国への配流が言い渡され、院の側近であった父仲宗及び三人の弟達もこれに連座し同時に失脚した(『中右記』同年8月17日条)。
この呪詛事件の詳細については不明であるが、『吾妻鏡』正治元年8月19日条に過去の事例として「鳥羽院が源仲宗の妻である祇園女御を奪った上で、仲宗を配流に処した(意訳)」との記述があることが知られ、現在では整合性からこれにある「鳥羽院」は白河院、「源仲宗」は惟清を指すものと考えられている。