空海（弘法大師）が大同2年（807年）に修善寺を訪れたとき、桂川で病んだ父親の体を洗う少年を見つけ、その孝行に感心した大師は、「川の水では冷たかろう」と、手に持った独鈷杵で川中の岩を打ち砕き、霊泉を噴出させた。大師が温泉が疾病に効くことを説き、これにより父子は十数年来の固疾を時間を置かずして完治させることができた。という伝承が残っている。これよりこの地方に湯治療養が広まり、修善寺温泉が始まったとされる。
独鈷の湯は、川中に突き出たその形状のために、豪雨の際に流れが阻害され、氾濫を引き起こす原因となりかねないとして、県の計画により、2009年4月に19m下流の川幅の広い位置に移動させられた。
