山口県山陽小野田市刈屋生まれ。小野田市立竜王中学校(現・山陽小野田市立竜王中学校)、山口県立小野田高等学校卒業。1984年(昭和59年)3月、東京理科大学工学部機械工学科卒業。1987年(昭和62年)、ノースイースタン大学情報システム修士課程修了[3]。
1988年(昭和63年)、NTTデータに就職。1991年(平成3年)、父の藤田保郎が創業した富士商に転職。2012年(平成24年)、同社代表取締役社長に就任。2016年(平成28年)、代表取締役社長を退任[3]。
2017年(平成29年)1月18日、任期満了に伴う山陽小野田市長選挙への出馬を表明[4]。同年4月9日に行われた市長選挙に自民党・公明党の推薦を受けて立候補し、民進党・連合山口の推薦を受けた元市議の伊藤実を破り、初当選を果たした[5]。4月24日、市長就任。選挙の結果は以下のとおり。
※当日有権者数:52,635人 最終投票率:49.32%(前回比:+3.19pts)
| 候補者名 | 年齢 | 所属党派 | 新旧別 | 得票数 | 得票率 | 推薦・支持 |
| 藤田剛二 | 57 | 無所属 | 新 | 13,989票 | 54.66% | (推薦)自民党・公明党 |
| 伊藤実 | 57 | 無所属 | 新 | 11,604票 | 45.34% | (推薦)民進党・連合山口 |
2018年に自民党に入党した[6]。
2021年、無投票で再選。
2025年、無投票で3選[7]。