創建時期は不詳。
言い伝えでは、延久年間、五名（現・漆垣内の一部)で水田を開拓するにあたり、不慮の出水で堰が決潰するため困窮する。そこで信濃国諏訪大社の分霊を勧請し祠を建て、諏訪神の力を借りて脱しようと7日間日夜祈念すると、大雨で水源付近の岩が押し流され破損した堰を塞ぎ水不足が解消されたという。
創建時期は慶雲元年（704年）の説もある。
漆垣内町内の四天王神社と諏訪神社は例祭、祈年祭、新嘗祭は同じ日に行い、祭具も共有している。2019年（令和元年）からは二之宮神社も加わり、合同例祭（9月第三日曜日）を行っている[5]。
