肉眼で計測するため個人誤差が発生する。また、透明度は水の「見た目・外観」を表現しているに過ぎないため、透明度が高いだけでは水質汚染を免れているとは言えない。よって、数値の解釈には注意を要する。しかし、計測が比較的容易であり、水の清濁が直感的にわかりやすいため水質指標としてよく使われている。
砂、シルト、原生動物、生物の死骸・排出物などの浮遊物質が水中に存在することによって透明度は低下する。そのため、季節や気象条件によって値が大きく変化するので、継続的な計測が求められる（通常、湖などのデータとして示されるのは年平均）。また、計測には円盤を沈める必要があるため、ある程度の水深が必要になる。
