延宝3年（1675年）2月、御目見を果たし、延宝4年（1676年）、父の死去により家督を継いだ。幼年のために生母の兄弟である美濃大垣藩主の戸田氏西らが後見とされ、藩重臣らが執政した。
延宝5年（1676年）、財政悪化により増税策がとられたが、藩はもとより重税であったため、立ち行かなくなった農民らの代表が江戸屋敷に訴え出た。増税を主張する家老・遠藤七郎右衛門と俸禄削減を主張する家老・遠藤杢之助がそれぞれ江戸に上り意見具申を行い、杢之助の策が採用され、七郎右衛門は失脚した。しかし、国許では高禄の家臣らの不満が高まり、杢之助の娘婿を襲撃しようとした藩士が捕らえられる事態に発展し、杢之助を擁護しようとする農民が城下に集結する騒ぎとなった。これを延宝の郡上騒動という。杢之助と増税派の家老・遠藤新左衛門が責を負って隠居したが、その後も家中や農民の混乱は続いた。天和2年（1682年）、家臣一同より和合の誓詞が出され一連の騒動は終結した。
天和元年（1681年）、上野沼田藩主真田信利の改易に伴い、その次男の武藤信秋の預かりを命ぜられる。
元禄元年（1688年）、初めて国許下向が許されるが、翌年3月24日に郡上にて死去した。跡を長男の遠藤常久が継いだ。
