金門島地質は単純であり瓊林-尚義を協会に東西に大分される。東部は花崗片麻岩が露出し、西部は赤土が主となっている。金門本島の北東、南東海岸及び烈嶼の北東から南東海岸にかけては海水の浸食作用により海蝕崖或いは海岸段丘が形成されている。
金門は亜熱帯海洋性気候に属し年間平均気温は20.8℃、冬は乾燥し寒く春は霧が多く発生する機構である。年間平均降水量は1,000ml、その多くが4月から9月にかけて観測される。冬季は乾燥し強風が吹くため農業には適しておらず、乾燥に強い作物を中心に作付けが行なわれている。