上記の歴史的経緯から雲仙地区と天草地区に分けられる。
- 雲仙地域
- 雲仙岳を中心とした火山群。火山活動が活発であり、固有の火山性地形やシロドウダンなどの植生が見られる。高原や湖沼の風景にも富み、草花、野鳥の宝庫でもある。特にミヤマキリシマ(ツツジ）については仁田峠を中心に5月が見ごろ。雲仙温泉では地獄めぐりが有名である。
- 高原地帯は島原半島唯一の放牧地となっており、国有林の田代原風致探勝林がある[4]。
- 天草地域
- 天草上島から天草下島にかけて東岸の天草松島から八代海、長島海峡を経て西岸の妙見浦と四季咲岬に至る海岸線及び内陸部の龍ヶ岳、倉岳などを含む。
- ハイライトは多島海風景が見事で与謝野晶子にも絶賛された天草松島や奇岩、奇峰、海崖、海蝕洞などが連続して見られる妙見浦（名勝及び天然記念物）が著名で、陸繋島の富岡海岸、御所浦島などがある。複雑な入り江が連続するリアス式海岸一帯は、また海中の美しさでも知られており、天草海中公園は全国に先駆けて設置された海中公園の一つでもある。
- 指定面積
- 2005年6月17日区域変更の時点
- 陸域 計28,279 ha - 長崎県が45.5%、熊本県が49.4%、鹿児島県が5.1%[2]
- うち特別保護地区 589 ha、第1種特別地域 996 ha、第2種特別地域 11,705 ha、第3種特別地域 6,709 ha、普通地域 8,280 ha[2]
- 海域（普通地域を含む概算） およそ37,000 ha[注 1]
- うち海域公園地区 115.7 ha[2]
