雷電III

8方向レバー、2ボタン（ショット、ボンバー）でプレイヤー機の「ファイティングサンダーME-02」を操作する。これまでのシリーズでは1周が8面で以降ループするゲームだったが、本作は全7ステージで^[2]、クリアするとゲームオーバーとなる。

特定の敵が持っており、その敵を破壊するとアイテムが出現する。本作からは違う色のアイテムを取得してもパワーアップするようになった（最大5段階まで）。パワーアップが最高の状態で取得するとボーナス点が入る。

• バルカン（赤）:

本作から前方3方向バルカンが初期装備となった。パワーアップにより最大7方向まで発射でき、前方を広くカバーする。

• レーザー（青）:

パワーアップすると太くなる。狭い範囲を集中して高火力の攻撃を行う。

• プロトンレーザー（緑）:

レバーを左右に振ることで攻撃を行う。本作から追加された。

• ニュークリアミサイル[M]:

前方へミサイルを発射。初速こそ遅いものの高い威力を誇る。

• ホーミングミサイル[H]:

敵に誘導するミサイルを発射する。威力は低い。

• レーダーミサイル[R]:

本作から追加されたミサイルで前方の敵を追尾する性質を持つ。真横や後方の敵には追尾しない。また本作ではバグにより火力がニュークリアミサイルよりも高くなってしまっている^[3]。

• 勲章 - 取得すると点数が入る。またステージクリア時に取得数に応じてボーナス点が入る。
• フェアリー - 特定の場所に撃ちこみ続けると出現する。取得すると一万点ボーナス。取得しておくと、ミスした後に再度現れ、複数のアイテムをばら撒いてくれる。
• フルパワー - 取得すると所持している全ての武器が最高パワーアップ状態になる。コンティニュー時に出現することが多い。
• 1UP - 3面と6面で特定の条件を満たすと出現。取得すると残機が1機増える。なお、得点によるエクステンドは無い。

本作から追加されたシステムで敵が出現してから倒すまで時間に応じて倒した敵の素点に倍率が掛かる。最大倍率は2.0倍^[4]。