Après avoir fini quelques prologues, un menu s'ouvre permettant d'accéder à trois parties distinctes, le mode aventure, le mode bataille et le mode archives.
Dans ce mode, vous allez pouvoir découvrir l'histoire des 13 personnages disponibles dans le jeu dans un genre de visual novel. Avant de rentrer dans leurs histoires respectives, une roue de personnage est disponible afin de permettre au joueur de choisir quel histoire il souhaite découvrir. Cependant tout une histoire ne peut pas être faite d'une traite, afin de varier les personnages, il y aura souvent des verrous ne pouvant se débloquer qu'après avoir fait un certain pourcentage d'histoire chez d'autres personnages ou bien après avoir fini une bataille particulière.
Chaque personnage a une histoire différente, cependant ils possèdent tous le système de pensée. La pensée permet de réfléchir sur différentes informations que vous avez obtenu dans l'histoire de votre personnage, et par conséquent d'accéder à des souvenirs ou des rêves, ou bien d'aller à un endroit après y avoir réfléchi.
Le mode bataille est séparé en deux phases. Premièrement il y a la préparation à la bataille puis la bataille en elle-même.
Avant de passer à la bataille, il nous est demandé de choisir un "stage" puis une équipe.
Il y a différentes zones dans lesquelles se déroulent les combats, et dans ces zones il y a différents stages. Vous pouvez donc choisir quel stage faire et vous pouvez même le faire plusieurs fois. Les stages ont deux spécificités. Quand vous faites un "stage", un score vous est donné à la fin. Afin de faire varier le score, les "stages" possèdent un système de score multiplié s’il n'y a pas de défaite. Si vous gagnez plusieurs batailles d'affilée, alors votre score sera de plus en plus augmenté au fur et à mesure des combats. La deuxième spécificité concerne les objectifs. Chaque "stage" possède différents objectifs à réaliser. La réussite de ces objectifs permettant de gagner des points mystères.
Après avoir choisi le "stage", vous pouvez choisir votre équipe pour la bataille. Vous pouvez d'abord choisir qui mettre en attaque et qui mettre en défense. Les personnages en attaque seront des personnages actifs pendant la bataille alors que ceux en défense seront passifs. Il ne peut pas y avoir plus de 6 personnages en attaque. Après avoir réparti les rôles, vous pouvez lancer la partie ou bien améliorer, acheter ou équiper des compétences pour les Sentinelles avec des métacrédits que vous obtiendrez au fur et à mesure des batailles et des histoires.
Le choix des personnages a lui aussi une spécificité car après qu'un personnage a fait deux batailles de suite, il a ce qui est appelé une cérébralysie et ne peut plus être utilisé en bataille pendant un moment.
Les archives contiennent les différentes informations que vous apprenez au cours du jeu.
Les chroniques retracent les événements vécus par les personnages au fur et à mesure du mode aventure. Il y a une page de chroniques rassemblant tous les événements du jeu, et une page de chroniques pour chaque personnage.
Le codex contient des informations sur différents personnages, différentes époques, différents lieux, différents Kaijūs ou Sentinelles, et même sur différents objets. Il se met constamment à jour au fur et à mesure de l'aventure et des batailles. Certaines informations ne peuvent être débloquées qu’en utilisant des points mystère, ces derniers ne pouvant être débloqués qu’au travers des batailles et de la réalisation de certains défis.
