Le , il devient ministre de la Défense avant de remplacer le général Abdelhamid Escheikh à la tête du ministère de l'Intérieur du au , dans un contexte de lutte contre l'islamisme. Devenu conseiller auprès du président Zine el-Abidine Ben Ali, il retrouve le ministère de la Défense du au , passe au ministère de la Justice en 1997-1999 avant de devenir ministre de l'Intérieur pour la deuxième fois le . Le , à la suite du dépôt d'une plainte pour torture le visant, le président Ben Ali décide de l'écarter provisoirement de la vie politique.
Le , il se trouve à l'hôpital cantonal de Genève où il subit un triple pontage coronarien après avoir eu un malaise[2]. Alors que Hatem Ben Salem est aperçu par un employé de l'hôpital, ce dernier appelle Abdennacer Naït-Liman, un réfugié politique tunisien vivant à Genève depuis 1995 et président d'une association des victimes de la torture en Tunisie[2]. Celui-ci en informe Éric Sottas, directeur à Genève de l'Organisation mondiale contre la torture, et l'avocat Me François Membrez[2] et dépose plainte contre Kallel pour «lésions corporelles graves, séquestrations, injures, mise en danger de la santé, contraintes et abus d'autorité»; Naït-Liman a en effet été torturé dans les locaux du ministère de l'Intérieur entre le et le [2]. S'il avait témoigné huit mois auparavant dans le livre La torture en Tunisie. 1987-2000. Plaidoyer pour son abolition et contre l'impunité, le nom de Kallel n'y était pas mentionné[3]. La plainte est classée sans suite en puis en appel le [4]. Cette initiative constitue une première pour le parquet suisse mais Kallel quitte le territoire à temps grâce au passeport diplomatique que lui confère son rang de ministre[2]. Sottas l'accuse alors d'être «responsable de la torture de milliers de personnes»[2].
Le , après la révolution, il est placé sous résidence surveillée[5] avant de démissionner de la présidence de la Chambre des conseillers deux jours plus tard[6],[7]. Il est arrêté le [8], à la suite d'une plainte déposée par un collectif de 24 avocats pour une accusation de détournement de fonds au sein du RCD. Le , ses biens sont saisis par décret; il fait ensuite l'objet d'un interrogatoire le , conclu par un mandat de dépôt[9]. Le , le chargé des contentieux de l'État dépose une plainte en référé pour le gel des avoirs des propriétés de Kallel[10]; ses biens sont mis sous séquestre trois jours plus tard[11].
Abdallah Kallel est hospitalisé le à l'hôpital militaire de Tunis, dans un état jugé assez grave par sa famille, à la suite d'un malaise cardiaque; celle-ci pointe ses conditions de détention pour expliquer la détérioration de son état de santé[12].
Le , la chambre correctionnelle du tribunal militaire permanent de première instance de Tunis le condamne à quatre ans de prison dans le cadre de l'affaire de Barraket Essahel[13], peine ramenée à deux ans de prison en appel le [14]. Le , il est libéré au terme de sa peine[15].
↑Comité pour le respect des libertés et des droits de l'homme en Tunisie, La torture en Tunisie, 1987-2000: plaidoyer pour son abolition et contre l'impunité, Paris, Le Temps des Cerises, , p.125-130.
