Au commencement des guerres civiles, étant chapelain de lord Warwick, il parait se prononcer en faveur du parlement, mais proteste bientôt contre le jugement du roi et publie, quelques jours après son exécution (1649), l’Éikôn basiliké ou Portrait du roi dans sa solitude et ses souffrances. Cet ouvrage est attribué à Charles Ier lui-même, et il n’a pas moins de dix-sept éditions en quelques mois. Il paraît certain que Gauden posséda un manuscrit du roi ; mais il est absolument impossible de savoir jusqu’à quel point il l’avait remanié.
Après la restauration, il est successivement évêque d’Exeter, puis de Worcester.