Il est employé par le Bureau météorologique du Vanuatu à partir de 1993, et en devient le directeur en 2002, étant nommé cette même année président du comité national (NACCC) conseillant le gouvernement en matière de réponses à apporter au réchauffement climatique. Président de l'entreprise des postes Vanuatu Post Ltd de 2007 à 2011, il est également président d'Air Vanuatu de 2010 à 2011. De 2013 à 2015 il est le directeur général de l'administration du ministère de l'Environnement[1].
Son parti obtient cinq sièges aux élections législatives de 2020[7],[8], mais se trouve dans l'opposition parlementaire au nouveau gouvernement de Bob Loughman[9],[10],[11]. Aux élections anticipées de 2022, malgré un net recul en pourcentage des voix, le Parti des dirigeants conserve cinq sièges au Parlement[12], et Jotham Napat est nommé ministre des Affaires étrangères dans le gouvernement de coalition d'Ishmael Kalsakau[13]. Le , Ishmael Kalsakau limoge son vice-Premier ministre Sato Kilman et promeut Jotham Napat à ce poste [14],[15]. Le , toutefois, lorsque le Premier ministre remanie le gouvernement pour renforcer sa majorité parlementaire, Jotham Napat doit céder ses fonctions ministérielles à Matai Seremaiah[16],[17].
Dès mars, il annonce vouloir amender l'article 17 de la Constitution pour priver du droit d'éligibilité aux élections nationales et provinciales les citoyens non-autochtones, à l'exception de ceux qui sont citoyens d'au moins troisième génération. Le chef de l'opposition, Ishmael Kalsakau, qualifie cette proposition de raciste[19].
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