Après les élections législatives qui font perdre la majorité absolue au PLD, il devient l'un des cadres dirigeants de ce qui est devenu la première force d'opposition et l'un des principaux lieutenants du nouveau président, Sadakazu Tanigaki. Celui-ci l'inclut d'ailleurs dans ce qu'il appelle la «prochaine génération» des présidents du parti, avec deux autres quinquagénaires ayant aussi accédé à la notoriété en tant que ministres de Koizumi et candidats à la présidence du PLD en septembre 2008, Shigeru Ishiba et Yuriko Koike. Il devient avec ces deux derniers vice-président du Next Japan, le cabinet fantôme formé par Tanigaki du 6 avril au , puis secrétaire général (et donc numéro 2) du mouvement le [2].
Sadakazu Tanigaki annonce le qu'il renonce à se présenter pour un deuxième mandat à la tête du PLD. Le lendemain, Ishihara, qui avait déjà pris ses distances avec Tanigaki, annonce officiellement sa candidature à la présidence du parti. L'élection se déroule le [3]. Ishihara est éliminé dès le premier tour et c'est Shinzō Abe qui l'emporte[4]. Taku Yamasaki, ancien allié de Jun'ichirō Koizumi, décide à la même époque de se retirer de la vie politique, laissant la direction de sa faction au sein du PLD, la Commission pour un futur politique (近未来政治研究会, Kinmirai Seiji Kenkyūkai?), à Nobuteru Ishihara.
↑ (en) Erina Sato, Hironori Tsuchie et Kazuhiro Toyama,, «Opposition forces' unified candidate beats long-serving Ishihara in Japan general election», The Mainichi, (lire en ligne)
