Chaque zone se sépare en quatre actes : le premier et le troisième sont des courses. Le second acte est un combat entre les rivaux de la première course. Le quatrième acte est le boss de la zone.
Blue Coast Zone: la première zone du jeu se déroule dans un palais grec semblable au niveau « Water Palace » de Sonic Rush. Le boss, Egg Liner est doté d'une massue. Quand elle est relevée, c'est à ce moment-là qu'il faut frapper le cockpit.
Sunset Forest Zone: C'est l'exact reproduction de Waterfalls forest Zone, dans Sonic Rivals. Le boss, Egg Crawler est dans une grotte. Il y a trois plates-formes au-dessus du passage du robot, et deux badniks. Les rivaux sautent sur les badniks pour que ceux-ci tombent pile sur le cockpit du boss, ce qui l'affaiblit.
Neon Palace Zone: C'est le niveau casino du jeu, thème récurrent dans les Sonic Games. Bourré de loopings tables à bingo et autre machine à sous (quand vous faites un BINGO, grâce aux chiffres, vous aurez la barre de capacité pleine, et vous pourrez utiliser votre capacité spéciale). Le boss, Egg Dealer (ou BINGO Mobile) est une machine à BINGO. Quand vous faites un BINGO, le robot descend et peut être frappé à ce moment-là.
Frontier Canyon Zone: C'est le niveau correspondant au canyons qui sert de clin d'œil à Sonic Heroes. Il est ressemblant à l'univers des westerns, ainsi que la musique. Le boss, Egg Bull est un robot en forme de taureau. Quand il s'arrête, il faut monter aux plateformes pour pouvoir atteindre le cockpit.
Mystic Haunt Zone: C'est ici que les Chao sont cachés par Nega, et qu'on ouvre le portail grâce aux Emeraudes. Le boss, Egg Phantom est un fantôme piloté par Nega. Il faut allumer la lumière pour faire disparaitre l'enveloppe fantomatique, puis frapper le cockpit.
Chaotic Inferno Zone: C'est la dimension de l'Ifrit. Chacun fait la course pour empêcher Nega de réveiller l'Ifrit, mais il réussit grâce à sa nouvelle version de Metal Sonic v 3.0. Le boss est l'Ifrit lui-même. Il chute avec vous vers le sol. Le combat se déroule dans le vide. Il faut lui frapper la tête pour l'affaiblir.
À la fin, Tout le monde retourne à ses occupations, et étrangement, Nega est abandonné par Silver et Espio sous des décombres d'immeubles, dans la dimension de l'Ifrit.
