コイ目

ギュリノケイルス科

ギュリノケイルス科 Gyrinocheilidae は1属3種からなり、東南アジア山岳地帯の渓流に分布する。いずれも藻類のみを摂食し、観賞魚として人気のある種類である。

咽頭歯および口ヒゲをもたない。口は下向きで吸盤状に変化しており、岩などに張り付くことで急流をやり過ごす。鰓の開口部は小さく、2列のスリット状になっている。

• ギュリノケイルス属 Gyrinocheilus

サッカー科

サッカー科（ヌメリゴイ科） Catostomidae には4亜科13属79種が属する。ほとんどの種は北米に分布するが、Catostomus catostomus はシベリア、イェンツーユイは中国にも分布する。体長1mに達する大型種を含む。ほとんどの種類は底生魚で、口は下向きについていることが多い。始新世から漸新世にかけて化石属が知られている。咽頭歯は1列16本以上。唇は厚く肉質で、ひだや突起をもつものが多い。上顎は前上顎骨と主上顎骨によって縁取られる^[2]。

アユモドキ科

• アユモドキ科 Botiidae は8属60種を含み、インド・中国・日本および東南アジアの島嶼域に分布する。体は側扁し、吻のヒゲは2対。頭部側線系は不明瞭で、尾鰭は二又に分かれる。日本からはアユモドキ（固有種）が知られる。観賞魚として人気のクラウンローチも分類される。
  • アユモドキ属 Leptobotia
  • 他7属

バイアンテラ科

• バイアンテラ科 Vaillantellidae は1属3種を含み、東南アジアに分布する。かつてはドジョウ科に分類されていた。
  • バイアンテラ属 Vaillantella

ドジョウ科

ドジョウ科 Cobitidae は22属227種で構成され、ドジョウ・シマドジョウなどが所属する。日本を含めたユーラシア地域およびモロッコに分布し、特に南アジアで多様な種分化が認められる。底生性で、体長は最大種で40cmほどになる。Pangio 属（クーリーローチ）など、観賞魚として知られる仲間も多い。本科は Cobitididae と綴られることもあるが、現在ではこのアルファベット表記は受けいれられていない。

体は細長いか、あるいは紡錘形。口はやや下向きで、3-6対の口ヒゲをもつ。眼の下にトゲ状の突起をもつ。咽頭歯は一列。多くの種類は吻に1対のヒゲを有する。頭部の側線系が明瞭で、尾鰭はやや丸みを帯びる。

• アジメドジョウ属 Niwaella
• シマドジョウ属 Cobitis
• ドジョウ属 Misgurnus
• 他19属

バルブッカ科

バルブッカ科 Barbuccidae は1属2種を含み、東南アジアに分布する。

• バルブッカ属 Barbucca

ガストロミゾン科

ガストロミゾン科 Gastromyzontidae は20属約150種を含み、中国や東南アジアに分布する。かつてはタニノボリ科に含まれていた。

• イワハイウオ属 Beaufortia
• オオタニノボリ属 Formosania
• ガストロミゾン属 Gastromyzon
• 他17属

サルペンティコビティス科

サルペンティコビティス科 Serpenticobitidae は1属3種を含み、メコン川流域に固有である。

• サルペンティコビティス属 Serpenticobitis

タニノボリ科

タニノボリ科 Balitoridae は17属約110種で構成され、ユーラシア地域に分布する。フクドジョウ亜科は独立の科となった。

• Balitora 属
• タニノボリ属 Hemimyzon
• 他15属

エロポストマ科

エロポストマ科 Ellopostomatidae は1属2種が含まれ、東南アジアに分布する。

• エロポストマ属 Ellopostoma

フクドジョウ科

フクドジョウ科 Nemacheilidae は48属737種で構成され、主にユーラシア大陸に分布する。かつてはタニノボリ科に含まれていた。

• フクドジョウ属 Barbatula
• ホトケドジョウ属 Lefua
• Schistura 属
• 他45属

Paedocyprididae

Paedocyprididae は1属3種を含み、かつてはダニオ亜科に分類されていた。世界最小級の魚類であるパエドキプリス・プロゲネティカを含む。

• パエドキプリス属 Paedocypris

プシロリンクス科

プシロリンクス科 Psilorhynchidae は1属29種を含み、インドからミャンマーにかけての渓流に生息する。かつてはコイ科の亜科とされていた。

• プシロリンクス属 Psilorhynchus

コイ科

コイ科 Cyprinidae は約1700種を含む。メキシコ南部までの北アメリカ、アフリカおよびユーラシア大陸に分布する。ほぼすべてが淡水産であるが、ごく一部に汽水域に進出する種類が知られる。多数の水産重要種を含み、アクアリウムなどで飼育される観賞魚も多い。本科に所属するパーカーホは、コイ目中の最大種で3mに及ぶこともあるが^[2]、一般的なコイ科魚類は体長5cm未満である。咽頭歯は1-3列で、各列とも8本を超えることはない。多くの種類では唇は薄く、ひだや突起はない。上顎はほぼ完全に前上顎骨のみによって縁取られ、前に突き出すことが可能である。コイ科魚類の最古の化石は、アジアにおける始新世の地層から産出する^[2]。

次の亜科が知られている。

• ラベオ亜科 Labeoninae
• Probarbinae
• Torinae
• Smiliogastrinae
• コイ亜科 Cyprininae
• Acrossocheilinae
• バルブス亜科 Barbinae
• Spinibarbinae
• スキゾトラックス亜科 Schizothoracinae
• Schizopygopsinae

スンダダニオ科

スンダダニオ科 Sundadanionidae は2属9種を含み、インドネシアに分布する。かつてはダニオ亜科に分類されていた。

• Fangfangia
• スンダダニオ属 Sundadanio

ダニオ科

ダニオ科 Danionidae は4亜科39属に約370種が分類され、アジアとアフリカに分布する。ゼブラフィッシュ（Danio rerio）など、一部の魚種は生物学における重要なモデル動物として利用されている。かつてはコイ科のダニオ亜科とされていた。以下の亜科が分類されている。

• Chedrinae
• ラスボラ亜科 Rasborinae
• ダニオ亜科 Danioninae
• Esominae

レプトバルブス科

レプトバルブス科 Leptobarbinae は1属5種を含み、東南アジアに分布する。かつてはコイ科のレプトバルブス亜科とされていた。

• レプトバルブス属 Leptobarbus

クセノキプリス科

クセノキプリス科 Xenocyprididae は45属約160種を含み、アジアに分布する。かつてはコイ科のクセノキプリス亜科とされていた。

• ハクレン属 Hypophthalmichthys
• カワムツ属 Nipponocypris
• ハス属 Opsariichthys
• 他42属

テンチ科

テンチ科 Tincidae は1属1種から成り、ユーラシア大陸に広く分布するテンチのみが含まれる。かつてはコイ科のテンチ亜科とされていた。

• テンチ属 Tinca

タナゴ科

タナゴ科 Acheilognathidae は7属75種を含み、ユーラシア大陸に分布する。かつてはコイ科のタナゴ亜科とされていた。

• タナゴ属 Acheilognathus
• バラタナゴ属 Rhodeus
• アブラボテ属 Tanakia
• 他4属

カマツカ科

カマツカ科 Gobionidae には29属217種が含まれ、ユーラシア大陸に分布する。かつてはコイ科のカマツカ亜科とされていた。

• ツチフキ属 Abbottina
• ゼゼラ属 Biwia
• タモロコ属 Gnathopogon
• ニゴイ属 Hemibarbus
• カマツカ属 Pseudogobio
• モツゴ属 Pseudorasbora
• ヒガイ属 Sarcocheilichthys
• スゴモロコ属 Squalidus
• 他21属

アカヒレ科

アカヒレ科 Tanichthyidae は1属6種から成り、アジアに分布する。かつてはコイ科に分類されていた。観賞魚として有名なアカヒレなどが含まれる。

• アカヒレ属 Tanichthys

ウグイ科

ウグイ科 Leuciscidae は6亜科に分けられ、95属674種が分類されている。ユーラシア大陸と北アメリカ大陸に分布する。以下の亜科が分類されている。

• ウグイ亜科 Pseudaspininae
• Laviniinae
• Plagopterinae
• Leuciscinae
• Phoxininae
• Pogonichthyinae