PyMOL

PyMOL（パイモル）はオープンソースの分子グラフィックスツールである。ウォーレン・デラノにより開発され、個人経営のソフトウェア会社であるデラノ・サイエンティフィック (DeLano Scientific LLC) によって商品化された。現在はSchrödinger社によって商品化されている。PyMOLは小さな分子に加えてタンパク質など生体高分子の高品質な3Dイメージを作成でき、科学雑誌の表紙を飾ったPyMOLのタンパク質画像も多く存在している。

構造生物学の分野ではオープンソースで利用できる数少ないソフトウェアのうちの1つである。名称の一部Pyは記述言語であるPythonに因む。

PyMOLはOpenGL Extension Wranglerライブラリ(GLEW（英語版）)やFreeGLUT（英語版）を用いており、またプラグインとしてプログラムソフトウェアAPBS^[2]を利用してポアソン＝ボルツマン方程式を解いて、タンパク質表面に電荷分布を表示させることが可能となっている。

2017年9月20日にPyMOL 2.0がリリースされた^[3]。GUIがPyQt対応になり、以前のTkやaquaを用いた描画から置き換えられた。またサポートが行われなくなったPython 2からPython 3への以降を行っており、現在のバージョンではPython 3単独で動作するようになっているが、一部の古いプラグインは依然としてPython 2でしか動作しないものも存在する。

2024年3月12日にPyMOL 3.0がリリースされた^[4]。GUIが大きく変化し、シーン機能の、レイトレース機能の強化やムービー作成など、描画が改善されている。2024年4月10日にはソースコードも公開された。PyMOL 2のサポートも引き続き行われている。