TRANSCOMの組織編制は、全世界におけるアメリカ軍の兵站・輸送（戦略輸送・戦術輸送）に関する作戦指揮を統括的に担当するという任務に基づき、指揮下に陸・海・空の三軍が有している兵站・輸送担当部隊を「構成部隊 (Component Command)」として組み込む形を採っている。また、TRANSCOM自身の「下部組織 (Subordinate Commmand)」という形で、統合能力付与コマンド (Joint Enabling Capabilities Command; JECC) を隷下に置き、これら4つの組織が中核となっている。
- 航空機動軍団 (AMC)
- 空軍の輸送機・空中給油機部隊であり、戦術・戦略輸送機を多数保有・運用する。TRANSCOMの3つの構成部隊の中では最も規模が大きく、AMC司令官はTRANSCOM司令官と同じく大将が就くポストとなっている。
- また、民間予備航空隊もAMCの傘下にあり、危機の時などは必要に応じて徴発・動員され、人員・物資の輸送に従事する。
- 軍事海上輸送司令部 (MSC)
- 海軍の補助艦艇を運用する部隊である。輸送船・補給艦だけでなく音響測定艦・海洋観測艦や潜水艦救難艦・病院船など海軍の戦闘艦以外のあらゆる補助艦艇を運用している。運用に際しては民間の船員を大幅に活用している。海上の補給・輸送・後方支援・特殊任務（ミサイル追跡・海洋観測・情報収集など）を司っている。司令官は少将。
- 陸軍配備流通コマンド (SDDC)
- 陸軍の部隊であり、主に陸上における輸送を取り扱う（陸軍も輸送艦や航空機を保有しており、陸上手段以外での輸送を行うこともある）。司令官はMSCと同じく少将が充てられている。
- 統合能力付与コマンド (JECC)
- どの軍種にも属さないTRANSCOM自身の下部組織。アメリカ軍の全世界的運用・統合運用に対応するため、各統合軍の司令官たちの要求・要望に応じ、統合的な作戦展開を可能にするための支援を行う。
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