コマモナス科
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| コマモナス科 | |||||||||||||||
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| 分類 | |||||||||||||||
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| 学名 | |||||||||||||||
| Comamonadaceae Willems et al. 1991[1] (IJSEMリストに掲載 1991)[2] | |||||||||||||||
| タイプ属 | |||||||||||||||
| コマモナス属 Comamonas (ex Davis and Park 1962)[3] De Vos et al. 1985[4] 修正 Tamaoka et al. 1987[5] 修正 Willems et al. 1991[6] Zhang et al. 2013[7] (IJSEMリストに掲載 2013)[8] | |||||||||||||||
| シノニム | |||||||||||||||
| 下位分類（属） | |||||||||||||||
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本文を参照 |
コマモナス科（コマモナスか、Comamonadaceae）はPseudomonadota門ベータプロテオバクテリア綱バークホルデリア目の科の一つである。
メンバーは全て好気性のグラム陰性菌である。細胞は、直線状または少し湾曲した桿状または螺旋状である[1]。ほとんどの種は鞭毛、単一の極性鞭毛、1–5本から成る双極性房、または退化した周毛鞭毛による運動性を持つ。胞子は形成しない。H2またはCOの酸化による化学有機栄養性または化学無機栄養性である。酸化代謝では酸素を末端電子受容体として使用する。一部の種は硝酸塩も利用できる。キシロフィラス属（Xylophilus）のメンバーを除き、オキシダーゼ陽性である。最適成長温度は28–30 ℃、ただしキシロフィラス属では24 ℃である。キシロフィラス属、ハイドロゲノファーガ属（Hydrogenophaga）、およびバリオボラックス属（Variovorax）は黄色の不溶性色素を生成する。一部のハイドロゲノファーガ属菌株による窒素固定が報告されている[11]。一般に、同科のメンバーは炭水化物をほとんど利用せず、アミノ酸を含むさまざまな有機酸を利用する[1]。主要な細胞脂肪酸は、パルミトレイン酸(16:1)、パルミチン酸(16:0)、およびczs-バクセン酸(A11-18:1)である。ゲノムDNAの平均GC含量は57–70mol%である。メンバーは土壌、自然環境や産業環境由来の水、臨床サンプル、および細菌感染した植物材料から分離されている。臨床サンプルから分離されたコマモナス属（Comamonas属）およびアシドボラックス属（Acidovorax属）については、病原性の影響は報告されていない。キシロフィラス属のメンバーではブドウに病原性があり、[Pseudomonas] avenae（現Acidovorax avenae） rRNAブランチに属する菌株は、さまざまなイネ科植物、ラン科植物、またはウリ科植物に病原性を示す。
下位分類（属）
コマモナス科は以下の属を含む(2024年8月現在)[12]。
IJSEMに正式承認されている属
- Willems et al. 1990
- corrig. Ramana and Sasikala 2009
- Mechichi et al. 2003
- Deshmukh and Oren 2023
- Kalmbach et al. 1999
- Hiraishi et al. 1995
- Ryu et al. 2008
- Takeda et al. 2002
- (ex Davis and Park 1962) De Vos et al. 1985
- Fang et al. 2015
- Ding and Yokota 2004
- Wen et al. 1999
- Khan and Hiraishi 2003
- Zhang et al. 2013
- Grabovich et al. 2006
- Willems et al. 1989
- Spring et al. 2004
- Malmqvist et al. 1994
- Schroeter 1886 (Approved Lists 1980)
- Kützing 1843 (Approved Lists 1980)
- Hahn et al. 2010
- Utermöhl and Koppe 1924 (Approved Lists 1980)
- Spring et al. 2005
- Wang et al. 2014
- Vaz-Moreira et al. 2017
- Spring et al. 2004
- Irgens et al. 1996
- Kämpfer et al. 2008
- Bruland et al. 2009
- Heo et al. 2019
- Heulin et al. 2003
- Hiraishi et al. 1992
- Suyama et al. 1999
- Willems et al. 1991
- Mieszkin et al. 2023
- Bird et al. 2021
- Grabovich et al. 2006
- Kützing 1833 (Approved Lists 1980)
- França et al. 2006
- Moreira et al. 2000
- Moreira and Amils 1997
- Khan et al. 2017
- Bernard et al. 2022
- Willems et al. 1991
- Pinel et al. 2012
- Blümel et al. 2001
- Willems et al. 1987
IJSEMに未承認の属
- "Albitalea"
- Khan et al. 2021
- "Candidatus Serpentinomonas"
- Suzuki et al. 2014
- Caenibacterium
- Manaia et al. 2003
- Calidifontimicrobium
- Ding et al. 2019
- Franklinella
- Bernard et al. 2022
- Kinneretia
- Gomila et al. 2010
- ミツアリア属 Mitsuaria
- Amakata et al. 2005
- Paenacidovorax
- Du et al. 2023
- Paracidovorax
- Du et al. 2023
- Paucibacter
- Rapala et al. 2005
- Pelomonas
- Xie and Yokota 2005
- Schlegelella
- Elbanna et al. 2003
- Zhizhongheella
- Dong et al. 2014
脚注
- 1 2 3 A. Willems1, J. De Ley1, M. Gillis1 and K. Kersters1 (1 Laboratorium voor Microbiologie en microbiële Genetica, Rijksuniversiteit Gent, K. L. Ledeganckstraat 35, B-9000 Ghent, Belgium) (01 July 1991). “NOTES: Comamonadaceae, a New Family Encompassing the Acidovorans rRNA Complex, Including Variovorax paradoxus gen. nov., comb. nov., for Alcaligenes paradoxus (Davis 1969)”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 41 (3): 445-450. doi:10.1099/00207713-41-3-445.
- ↑ Anonymous (01 October 1991). “Notification that New Names and New Combinations Have Appeared in the IJSB”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 41 (4): 581. doi:10.1099/00207713-41-4-581.
- ↑ R. HUGH1 (1: The George Washington University-School of Medicine Department of Microbiology, Washington, D.C. Research Collaborator, American Type Culture Collection) (01 April 1962). “Comamonas terrigena comb. nov. with proposal of a neotype and request for an Opinion 1”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 12 (2): 33-35. doi:10.1099/0096266X-12-2-33.
- ↑ P. DE VOS1, K. KERSTERS1, E. FALSEN2, B. POT1, M. GILLIS1, P. SEGERS1 and J. DE LEY1 (1: Laboratorium voor Microbiologie en microbiële Genetica, Rijksuniversiteit, B-9000 Gent, Belgium ; 2: Culture Collection, Department of Clinical Bacteriology, University of Göteborg, S-41346 Göteborg, Sweden) (01 October 1985). “Comamonas Davis and Park 1962 gen. nov., nom. rev. emend., and Comamonas terrigena Hugh 1962 sp. nov., nom. rev.”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 35 (4): 443-453. doi:10.1099/00207713-35-4-443.
- ↑ Jin Tamaoka1, Duk-Mo Ha1 and Kazuo Komagata1 (1 Institute of Applied Microbiology, University of Tokyo, Yayoi 1-1-1, Bunkyo-ku, Tokyo 113, Japan) (01 January 1987). “Reclassification of Pseudomonas acidovorans den Dooren de Jong 1926 and Pseudomonas testosteroni Marcus and Talalay 1956 as Comamonas acidovorans comb. nov. and Comamonas testosteroni comb. nov., with an Emended Description of the Genus Comamonas”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 37 (1): 52-59. doi:10.1099/00207713-37-1-52.
- ↑ A. Willems1, B. Pot1, E. Falsen2, P. Vandamme1, M. Gillis1, K. Kersters1 and J. De Ley1 (1: Laboratorium voor Microbiologie en Microbiële Genetica, Rijksuniversiteit, B-9000 Ghent, Belgium ; 2: Culture Collection, Department of Clinical Bacteriology, University of Göteborg, S-413 46 Göteborg, Sweden) (01 July 1991). “Polyphasic Taxonomic Study of the Emended Genus Comamonas: Relationship to Aquaspirillum aquaticum, E. Falsen Group 10, and Other Clinical Isolates”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 41 (3): 427-444. doi:10.1099/00207713-41-3-427.
- ↑ Jun Zhang1,2,†, Yueqiang Wang1,†, Shungui Zhou1, Chunyuan Wu1, Jian He3 and Fangbai Li1 (1: Guangdong Institute of Eco-Environmental and Soil Sciences, Guangzhou 510650, PR China ; 2: College of Resources and Environmental Sciences, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095, PR China 3 Key Laboratory for Microbiological Engineering of Agricultural Environment of Ministry of Agriculture, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095, PR China ; † These authors contributed equally to this work.) (01 March 2013). “Comamonas guangdongensis sp. nov., isolated from subterranean forest sediment, and emended description of the genus Comamonas”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 63 (Pt_3): 809-814. doi:10.1099/ijs.0.040188-0. PMID 22581903.
- ↑ Jean Euzéby (01 June 2013). “Notification that new names and new combinations have appeared in volume 63, part 3, of the IJSEM”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 63 (Pt_6): 1939-1941. doi:10.1099/ijs.0.053207-0.
- ↑ Yang Liu 1, Juan Du 1, Tao Pei 1, Hanqin Du 1, Guang-Da Feng 1, Honghui Zhu 2 (1: Key Laboratory of Agricultural Microbiomics and Precision Application, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, State Key Laboratory of Applied Microbiology Southern China, Guangdong Provincial Key Laboratory of Microbial Culture Collection and Application, Guangdong Microbial Culture Collection Center (GDMCC), Institute of Microbiology, Guangdong Academy of Sciences, Guangzhou 510070, People's Republic of China. ; 2: Key Laboratory of Agricultural Microbiomics and Precision Application, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, State Key Laboratory of Applied Microbiology Southern China, Guangdong Provincial Key Laboratory of Microbial Culture Collection and Application, Guangdong Microbial Culture Collection Center (GDMCC), Institute of Microbiology, Guangdong Academy of Sciences, Guangzhou 510070, People's Republic of China (November 2022). “Genome-based taxonomic classification of the closest-to-Comamonadaceae group supports a new family Sphaerotilaceae fam. nov. and taxonomic revisions”. Systematic and Applied Microbiology 45 (6): 126352. doi:10.1016/j.syapm.2022.126352. PMID 36063784.
- ↑ Aharon Oren1 and Markus Göker2 (1: The Institute of Life Sciences, The Hebrew University of Jerusalem, The Edmond J. Safra Campus, 9190401 Jerusalem, Israel ; 2: Leibniz Institute DSMZ – German Collection of Microorganisms and Cell Cultures, Inhoffenstrasse 7B, 38124 Braunschweig, Germany) (01 February 2023 https://doi.org/10.1099/ijsem.0.005709).+“Validation List no. 209. Valid publication of new names and new combinations effectively published outside the IJSEM”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 73 (1): 5709. doi:10.1099/ijsem.0.005709.
- ↑ Bernard Jenni1, CÉRIC Isch1 and Michel Aragno1 (1: Laboratoire de Microbiologie de I'Université,Rue de Chantemerle 22, CH-2000 Neuchâtel, Switzerland) (01 February 1989). “Nitrogen Fixation by New Strains of Pseudomonas pseudoflava and Related Bacteria”. Microbiology Society 135 (2). doi:10.1099/00221287-135-2-461.
- ↑ Jean P. Euzéby, Aidan C. Parte. “Family Comamonadaceae”. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature. 2024年8月9日閲覧。