ゴマノハグサ科

約56属2100種が属する^[2]。

• Colpias Bentham
• Hemimerideae - 5属140種
  • Alonsoa Ruiz & Pavon ベニコチョウ属
  • Diclis Bentham
  • Diascia Link & Otto
  • Nemesia Ventenat アフリカウンラン属
  • Hemimeris L. f.
• Myoporoideae ハマジンチョウ亜科 - 10属300種
  • Myoporeae
    • Androya H. Perrier
    • Bontia L.
    • Myoporum Forster f. ハマジンチョウ属
    • Eremophila R. Brown
  • Leucophylleae
    • Capraria L.
    • Leucophyllum Bonpland
    • Eremogeton Standley & L. O. Williams
  • Aptosimeae
    • Anticharis
    • Aptosimum Bentham
    • Peliostomum Bentham
• Teedieae - 6属20種
  • Ranopisoa J. F. Leroy
  • Freylinia Colla
  • Teedia Rudolphi
  • Dermatobotrys Bolus
  • Oftia Adanson
  • Ameroglossum Eb. Fischer, S. Vogel & Lopez
• Buddleja L. フジウツギ属
• Camptoloma Bentham
• Phygelius Bentham ケープフクシア属
• Scrophularioideae ゴマノハグサ亜科
  • Scrophularieae ゴマノハグサ連 - 6属570種
    • Antherothamnus N. E. Brown
    • Oreosolen J. D. Hooker
    • Scrophularia L. ゴマノハグサ属
    • Verbascum L. モウズイカ属
    • Nathaliella B. Fedtschenko
    • Rhabdotosperma Hartl
  • Limoselleae キタミソウ連 - 25属700種
    • Jamesbrittenia Kunze
    • Limosella L. キタミソウ属
    • Lyperia Bentham
    • Barthlottia Eb. Fischer
    • Manuleopsis Schinz
    • Sutera Roth
    • Manulea L.
    • Glekia Hilliard
    • Trieenea Hilliard
    • Hebenstretia L.
    • Dischisma Choisy
    • Pseudoselago Hilliard
    • Chenopodiopsis Hilliard
    • Reyemia Hilliard
    • Zaluzianskya F. W. Schmidt サクラカラクサ属
    • Phyllopodium Bentham
    • Polycarena Bentham
    • Glumicalyx Hiern
    • Strobilopsis Hilliard & B. L. Burtt
    • Tetraselago Junell
    • Melanospermum Hilliard
    • Selago L.
    • Cromidon Compton
    • Microdon Choisy
    • Globulariopsis Compton
    • Gosela Choisy

次の属はかつてゴマノハグサ科とされていたが、APG植物分類体系で他の科へ移された。

• Antirrhinum キンギョソウ属、Bacopa ウキアゼナ属、Cymbalaria ツタバウンラン属、Digitalis ジギタリス属、Dopatrium アブノメ属、Ellisiophyllum　キクガラクサ属、Globularia　グロブラリア属、Gratiola オオアブノメ属、Lagotis ウルップソウ属、Limnophila シソクサ属、Linaria ウンラン属、Russelia ハナチョウジ属、Penstemon イワブクロ属、Scoparia セイタカカナビキソウ属、Veronica クワガタソウ属、Veronicastrum ガイソウ属 など → オオバコ科へ
• Lindernia アゼナ属、Torenia ツルウリクサ属 → アゼナ科として独立
• Calceolaria キンチャクソウ属 → カルセオラリア科として独立
• Euphrasia コゴメグサ属、Lathraea　ヤマウツボ属、Melampyrum ママコナ属、Monochasma クチナシグサ属、Pedicularis シオガマギク属、Phtheirospermum コシオガマ属、Siphonostegia ヒキヨモギ属 など（寄生植物） → ハマウツボ科へ
• Mazus サギゴケ属、Mimulus ミゾホオズキ属 など → ハエドクソウ科へ
• Paulownia キリ属 → キリ科として独立

次の属は従来別科とされていた。

• Buddleja フジウツギ（ブッドレヤ）属 など（旧フジウツギ科）
• Myoporum ハマジンチョウ属 など（旧ハマジンチョウ科）