従来の分類（クロンキスト体系等）ではおよそ15属180種ほど（すべて全寄生）からなるとされていた。以下に属を示す：
新しいAPG植物分類体系では、従来はゴマノハグサ科とされていた次の属（多くは半寄生、一部全寄生、ただし二属Lindenbergia・Rehmanniaは独立栄養）もハマウツボ科に移しており、全体で70属ほどとなっている。
- Agalinis
- Asepalum
- Aureolaria
- Bartsia
- Buchnera
- Bungea
- Buttonia
- Castilleja
- Centranthera
- Clevelandia
- Cordylanthus
- Cyclocheilon
- Cycnium
- Cymbaria
- Escobedia
- Esterhazya
- コゴメグサ属 Euphrasia - ミヤマコゴメグサ、タチコゴメグサ
- Gentrya
- Gerardiina
- Graderia
- Harveya
- Hyobanche
- Lamourouxia
- ヤマウツボ属 Lathraea -ヤマウツボ
- Leptorhabdos
- Lindenbergia アカヤジオウ属と並び、新たに定義されたこの科[1]の中で例外的な独立栄養植物
- Macranthera
- ママコナ属 Melampyrum
- Melasma
- Micrargeria
- クチナシグサ属 Monochasma
- Nesogenes
- Nothochilus
- Odontites
- Omphalotrix
- Ophiocephalus
- Orthocarpus
- セイヨウヒキヨモギ属 Parentucellia
- シオガマギク属 Pedicularis - ミヤマシオガマ、ヨツバシオガマ等
- コシオガマ属 Phtheirospermum
- Physocalyx
- Radamaea
- Rhamphicarpa
- Rhaphispermum
- アカヤジオウ属Rehmannia - アカヤジオウ等。Lindenbergia属と合わせて、新たに定義されたこの科[2]では例外的な独立栄養のもの
- Rhinanthus
- Rhynchocorys
- Schwalbea
- Seymeria
- Silviella
- ヒキヨモギ属 Siphonostegia
- Sopubia
- ストライガ属 Striga
- Tetraspidium
- Tienmuia
- Tozzia
- Triphysaria
- Xylocalyx
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ハマウツボ科に関連するカテゴリがあります。
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