ノトテニア亜目にはNelson（2016）の体系において8科46属153種が認められている。かつては5科のみの構成であったが、プセウダフィリティス科・ロバロ科・アゴヒゲオコゼ科の3科が新たに独立の科 として扱われるようになった。本亜目内におけるそれぞれの科の系統順位は、広く受け入れられたものと考えられている[ 2] [ 4]
ヤコウロウム（Cottoperca gobio ） ウシオニカジカ科 Bovichtidae オーストラリア 南部やニュージーランド など、本亜目の魚類としては比較的暖かい海域に分布する[ 2] 口蓋骨 と鋤骨 に歯をもち、側線は1本のみであることが本科魚類の特徴である[ 2]
プセウダフィリティス科 Pseudaphritidae [ 2] タスマニア島 を含むオーストラリア南東部に分布し、主に沿岸近くの淡水 ・汽水域 で生活する[ 2]
フォークランドアイナメ科 Eleginopidae Eleginops maclovinus のみ、1属1種。チリ ・アルゼンチン の外洋からフエゴ諸島 にかけて分布する[ 2]
マジェランアイナメ Dissostichus eleginoides （ナンキョクカジカ科）。「メロ」とも呼ばれ、輸入食用魚として日本での需要が高いライギョダマシ Dissostichus mawsoni （ナンキョクカジカ科）。南極海の中層を遊泳して生活する大型種ショウワギス （Trematomus bernacchii ）ナンキョクカジカ科 Nototheniidae [ 2] プランクトン 食性の一部の種類は中層を遊泳して生活し、海氷 直下の氷点下の海で暮らすものもいる。浮き袋をもたない彼らは、体内に多量の脂肪 を蓄え、骨格 成分中のカルシウム を減らすことで遊泳生活に必要な浮力 を得ている[ 2]
体は鱗で覆われる。背鰭は2つで、第1背鰭は3-11本の棘条のみで構成される。側線は1-3本。
Aethotaxis 属Cryothenia 属ライギョダマシ属 Dissostichus Gabionotothen 属Gvozdarus 属Lepidonotothen 属Lindbergichthys 属Notothenia 属Nototheniops 属Pagothenia 属Paranotothenia 属Patagonotothen 属Pleuragramma 属Trematomus 属ハルパギフェル科 Harpagiferidae
アゴヒゲオコゼ科 Artedidraconidae 深海 に生息する。体には鱗がなく、第1背鰭は7本以下の柔軟な棘条からなるなど、ハルパギフェル科と類似した特徴をもつ。かつてはハルパギフェル科の亜科として記載されていたが、本科魚類は顎ヒゲをもち、下尾骨は4-5個であるなどの形質から、現在では独立の科として認められている[ 2]
Artedidraco 属Dolloidraco 属Histiodraco 属Pogonophryne 属カモグチウオ科の1種（Bathydraco marri ）。ディープウォータードラゴンと呼ばれる種類 ホソカモグチウオ （英語版 ） Gerlachea australis ）カモグチウオ科 Bathydraconidae [ 2]
Acanthodraco 属Akarotaxis 属Bathydraco 属Cygnodraco 属Gerlachea 属Gymnodraco 属Parachaenichthys 属Prionodraco 属Psilodraco 属Racovitzia 属Vomeridens 属コオリウオ科の1種（Chionodraco hamatus （英語版 ） コオリウオ科 Channichthyidae
低水温への適応が著しいグループである。ほぼすべての種類で赤血球を欠いており、血液は無色透明となっている。血液には糖タンパク質が多量に含まれており、凝固点を下げる不凍液 の役割を果たしている。筋肉 中のミオグロビン もない。酸素 の取り込みは通常よりも多量の血液（血管 は太く、心臓 も肥大化している）と皮膚呼吸 によってまかなわれており、本科魚類は酸素が豊富な極低温の海水以外では生存できないと考えられている。
Chaenocephalus 属Chaenodraco 属Champsocephalus 属Channichthys 属Chionobathyscus 属Chionodraco 属Cryodraco 属Dacodraco 属Neopagetopsis 属Pagetopsis 属Pseudochaenichthys 属 
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