創建時期は不詳。大化の改新（乙巳の変）の頃の創建の説がある[3][2]。
享禄三年（1530年）4月の洪水で流出するが、同年9月現在地に再建。再建時には近隣の村の神社を合祀し、本巣郡船木（十四条村、十五条村、十六条村、十七条村、十八条村、十九条村）の総社となる[3][2]。
永禄五年（1562年）の織田信長と斎藤龍興での戦い（十四条・軽海の戦い）で社殿が焼失し、仮宮で再建。この頃に各村から分社の願いがあり、船木の総社から十四条村のみの神社となる。文禄二年（1593年）に本殿、拝殿等を造営する。
2020年（令和2年）12月、本巣市十四条895に鎮座していた日吉神社（祭神：大山咋神）を合祀する[4]。
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