室町時代から江戸時代にかけてスペインやポルトガルなどの国々は「南蛮」と呼ばれた。南蛮諸国には「エスカベシュ」という料理があり、これは揚げた小魚を酢漬けにしたタパスである。これが南蛮貿易によって九州地方に伝わり全国に広まったものと思われる。南蛮からやってきた料理ということで「南蛮漬け」との名がつけられた。
その製法と風味が地中海地域のマリネ料理「エスカベッシュ(escabèche)」と類似していることから、英語では “Japanese escabèche” ジャパニーズエスカベッシュと訳されることもある。